도쿄도 분교구의 재일홍법원은 1966년에 숭산행원(崇山行願, 1927~2004)에 의해 건립되었다. 이 사찰을 세우게되는 계기는 1965년 동국대학교 기숙사로 사용하던 서본원사 경성별원을 허물고 새로운 건물을 짓는 공사를 하던 중에 일본군의 유골 4,000여구가 발견되면서부터 시작된다. 당시 동국대학교 이사로 재직하던 숭산스님의 노력으로 유골들이 화계사 명부전에 안치되었다. 한일국교정상화와 더불어 그러한 사실이 일본의 언론과 정치권에 알려지면서 크게 주목 받았는데 결국 유골은 일본으로 돌아가고 숭산의 일본 방문이 이루어졌다. 이러한 시대 배경 속에서 도쿄 중심부에 재일홍법원이 개원되었다. 재일홍법원에서는 매주 일요일마다 법회를 열고 간화선을 지도하고 있는데 재일교포 뿐만 아니라 일본에서 공부하는 한국 유학생들도 참여하고 있다. 재일홍법원의 개원 이후 숭산은 더욱 해외 포교에 박차를 가하여 1969년 홍콩, 1972년 미국, 1978년 폴란드와 독일, 1983년 브라질, 1985년 프랑스, 1986년 러시아, 1992년 싱가포르 등지에 홍법원과 선센터 등을 세워 한국 불교의 세계화를 실천하였다.