일제강점기 때 편찬된 『태고사사법(太古寺寺法)』에는 보운암(普雲庵)이 유점사(楡岾寺)의 말사인 신계사(神溪寺)의 산내 암자라고 기록되어 있다. 한편 『유점본말사지(楡岾本末寺誌)』에 따르면, 이 절은 신라 법흥왕 5년(528) 무신(戊申)에 보운조사(普雲祖師)가 창건하였는데 대한제국 광무(光武) 8년(1904) 5월에 화재가 나서 순종대인 융희(隆熙) 원년(1907)에 설호(雪湖) 등이 화주가 되어 절을 중건하였다고 한다. 이후 1950년의 6·25 전쟁 때 신계사와 함께 절 전체가 파괴되었다고 하는데, 현재 중건의 유무는 확인할 수 없다.