이 사찰은 고려시대에 개경의 동쪽에 있었다고 하는데 창건에 관한 사항이나 자세한 내력은 전하지 않는다. 『고려사(高麗史)』에 따르면, 1181년(명종 11) 12월에 해안사(海安寺)에 봉안한 의종의 초상을 선효사(宣孝寺)로 옮겼다고 한다. 해안사는 도성의 서쪽에 있는 사찰인데, 당시 집권 무인들이 무인을 원수로 여긴 의종의 초상을 무반의 방위인 서쪽에 두는 것은 옳지 않다는 결정을 내려 도성 동쪽의 오미원(吳彌院)을 선효사라 개칭하고 이곳으로 초상을 이동시킨 것이다. 이후 1196년(명종 26) 추밀원사(樞密院事) 이준창(李俊昌)을 시켜 선효사에 있는 의종의 신위를 다시 불주사(佛住寺)로 옮겨 봉안하게 하였다.