서보통사(西普通寺)를 언제 누가 창건했는지는 전하지 않는다. 『고려사(高麗史)』에 따르면, 1313년(충숙왕 즉위년) 6월 상왕(上王)인 충선왕과 그의 아들 충숙왕이 서보통사에 당도하자 백관들이 맞이하였고, 두 왕은 이날 이 사찰에서 유숙하였다고 한다. 한편 고려시대에는 선(禪)을 수행하기 위한 불교의식인 담선법회가 성행하였는데, 그것을 수행하던 대표적인 사찰 중 하나가 서보통사였다. 서보통사의 담선법회는 ‘별례담선법회(別例談禪法會)’라고 하여 매년 4월 22일부터 7월 말까지 88일 동안 성대하게 개최되었다. 서보통사는 고려시대에 개경에 있었던 중요 사찰 중 하나로 추정되지만, 이후의 자세한 내력은 알 수 없다.