목조삼세불좌상은 봉은사 대웅전 불탁(佛卓) 위에 안치되어 있다. 중앙에는 석가불좌상이 있고 우측에는 아미타불좌상이, 좌측에는 약사불좌상이 있다.삼세불좌상은 모두 정수리에 솟아 있는 육계(肉髻)의 구분이 없으며, 머리카락은 소라 모양의 나발(螺髮)이다. 머리 위에는 원통형의 정상계주가 있으며 정수리 앞에는 타원형의 중앙계주가 있다. 석가불좌상은 협시불보다 40cm 정도 크게 만들어졌다. 상호는 방형이며 고개를 앞으로 살짝 숙이고 있다. 상체는 사각형이며 어깨의 선은 부드러운 호형이다. 무릎은 높게 만들어졌는데 직각에 가깝게 다듬었다. 높고 각진 무릎의 형태는 화엄사 각황전의 불상과 유사한 모습이다. 대의는 양쪽 어깨를 덮은 통견(通肩) 형식이다. 오른쪽 어깨 위에는 반달형의 대의자락이 덮여있으며 무릎 위를 돌아 왼쪽 어깨로 넘어간 형태이다. 이러한 착의법은 선운사 대웅전 불상, 불갑사 대웅전 불상, 쌍계사 대웅전 불상 등 무염파 불상에서 주로 확인되는 특징이다.
협시불은 아미타불좌상이 약사불좌상에 비해 조금 작은 편이지만 동일한 조각 수법을 보여준다. 상호는 방형이며 석가불좌상이 옅은 미소를 품고 있는 반면에 아미타불좌상과 약사불좌상은 근엄한 표정을 짓고 있다. 두 불상의 상체는 단구형이며 고개를 앞으로 약간 숙였다. 하체는 무릎이 각이 진 형태로 높게 만들어졌다. 통견 형태의 불의를 입고 있으며 군의의 상단에는 삼각형태의 접힌 주름이 표현되어 있어 석가불좌상과 다른 모습을 보여준다.
봉은사의 목조삼세불좌상은 불상 복장에 봉안되었던 조성기가 남아있어 조성배경과 편년을 알 수 있다. 복장문에 의하면 아미타불좌상과 약사불좌사상은 1651년(효종 2) 조각승 승일(勝一)이 제작하였다고 한다. 승일은 17세기 대표적인 조각승이었던 현진(玄眞)과 무염(無染)의 제자로 활동한 인물이다. 봉은사 대웅전 목조삼세불좌상은 임진왜란 이후 재건 불사에 중추적인 역할을 한 벽암 각성대사가 주도하여 조성한 불상이다. 이후 석가불좌상은 1685년(숙종 11) 화재로 소실된 것을 1689년경에 다시 제작하였다.
봉은사의 삼세불좌상은 17세기 중 · 후반을 대표하는 당대의 수작이다. 이 불상은 17세기 작품이 조선 후기인 18세기로 이행하는 과정을 양식적으로 보여주고 있으며 작가와 제작연도를 정확하게 알 수 있어서 미술사적으로 매우 중요한 작품이다.