남양유업㈜는 식생활 개선을 통한 건강한 미래 사회 창조를 목적으로 분유 사업을 시작으로 설립되었다.
남양유업㈜는 1964년 3월에 설립되었으며, 1965년 11월에 천안 공장을 완공하였다. 1978년 6월에 기업 공개를 하였고, 주식 시장에 상장되었으며, 1980년 2월에 공주 공장(지금의 세종 공장)을 완공하였다. 1982년 8월에는 조제분유인 ‘점프’를 생산하였고, 1988년 12월에는 경주 공장을 신설하였다. 1989년 8월에는 치즈 ‘로젠하임’을 생산하였고, 1991년 1월에는 발효유 ‘불가리스’를 생산하였다. 1993년 7월에는 조제분유인 ‘남양분유 임페리얼’을 생산하기 시작하였으며, 1994년 8월에는 DHA 함유 우유인 ‘아인슈타인’을 생산하였다. 1998년 4월에는 ISO 9001 품질 시스템 인증을 획득하였고, 1998년 6월에는 식품 위해 요소 중점 관리 기준 시범 업체로 지정되었다. 2001년 9월에는 중앙연구소 KOLAS(국가공인시험기관인증)를 획득하였고, 2002년 5월에는 천안 신공장을 준공하여 ‘카톤우유’를 생산하기 시작하였다. 2005년 3월에는 국내 최초로 미국 살균우유법령(PMO)을 인증 받았으며, 2007년 6월에는 업계 최초로 CCMS 인증을 받았다. 2008년 9월에는 나주 공장을 준공하였으며, 2010년 6월에는 식품 안전 경영 시스템 ISO 22000 인증을 받았다. 2013년 12월에는 나주에 커피 공장을 완공하였으며, 2016년 1월에는 중국 온라인 전용 영유아 조제분유인 ‘싱베이능(星倍能)’을 출시하였다. 2018년 2월에는 인공지능 가축 관리 서비스인 ‘라이브케어’를 남양유업 목장에 도입하였고, 같은 해 3월 조제분유 제품 ‘아기사랑 수’가 중국 조제분유 수출 기준을 통과하였으며, 식품약품감독관리총국(CFDA)에 정식 등록되었다. 가장 최근인 2022년 6월에는 단백질 음료인 ‘테이크핏 밸런스’를 출시하였다.
부산에서 비료를 수입하는 남양상사를 운영하던 창업주 홍두영이 비료 수입을 위하여 해외를 다니다가 유제품에 관심을 두게 된 것이 남양유업㈜의 창업으로 이어졌다. 다른 유업 회사와 달리 우유 사업보다 분유 사업에 먼저 뛰어들었고, 국내 최초로 분유를 판매하였다. 1965년 11월 충청남도 천안에 공장을 짓고, 1967년 1월에는 국산 조제분유인 남양분유를 출시하였다. 1970년대에는 우량아 선발 대회를 주관하여 인지도를 폭발적으로 올렸다. 회사 성장에 따라 1978년 6월에는 증권 거래소에 주식을 상장하였으며, 공주 공장, 경주 공장을 잇달아 신설하여 생산량을 늘렸다. 1990년대에는 건강 음료인 발효유 불가리스를 개발하고, DHA가 함유된 아인슈타인 우유를 판매하였으며, 같은 해 조제분유 아기사랑 시리즈를 선보이는 등 건강에 대한 사회의 추이를 앞서는 상품 개발로 시장 점유율을 확대하였다.
커피 붐이 일어나기 시작한 2000년대에는 이미 기존 업체가 시장을 선점하고 있던 커피 시장으로 진출, 나주에 동결 건조(Freeze-Dried) 커피 공장을 준공하고, ‘프렌치카페 카페믹스 누보’를 출시하였다. 2014년에는 폴란드의 유명 커피 기업인 '인스탄타'와 연간 1,000만 달러 규모의 동결 건조 커피 공급 계약을 체결한 데 이어 2015년 10월에는 러시아의 커피 기업 2곳과 1,000만 달러 규모의 공급 계약을 체결하였다. 주요 사업은 유제품 사업 영역이며, 구체적으로는 우유류, 분유류, 기타로 영역이 나누어져 있다. 우유류의 주요 제품에는 ‘맛있는우유 GT’, ‘아인슈타인 GT’ 등이 있으며, 분유류에는 ‘XO 월드 시리즈’ 등이 있다. 기타 제품에는 ‘몸이 가벼워지는시간 17차’, ‘앳홈 주스’, ‘드빈치 치즈’ 등이 있다. 서울 본사와 천안 · 공주 · 나주 등 5개의 공장, 세종시 연구소, 경기도 용인과 원당의 물류 센터 등을 운영하고 있으며, 중국, 일본, 대만, 호주, 미국 등 세계 21개국에 유아식, 유제품, 커피믹스, 음료 등 다양한 제품을 수출하고 있다.
2021년 남양유업㈜은 ‘코로나 시대의 항바이러스 식품 개발 심포지엄’을 열고 불가리스가 코로나19 억제 효과가 있는지 연구한 결과, 77.8%의 저감 효과를 보였다고 발표하였다. 바이러스가 활동 중인 세포 배지에 불가리스를 넣으면 바이러스의 활동량이 크게 억제된다는 내용이었다. 하지만 특정 물질에 항바이러스 효과가 있는 것과 해당 물질을 먹어서 항바이러스 효과를 가지는 것은 완전히 다른 것이며 항바이러스 효과는 불가리스가 특별한 것이 아니라 발효유에 있는 젖산의 효과일 뿐이라는 문제제기가 등장하였다. 질병관리청과 보건당국과 의료계에서는 임상 실험이 아닌 세포 단계 실험을 검증도 제대로 거치지 않고 발표한 것을 신뢰할 수 없다고 반박하였다. 결국, 식약처의 조사로 “해당 연구에 사용된 불가리스 제품, 남양유업이 지원한 연구비와 심포지엄 임차료 지급 등 심포지엄 연구 발표 내용과 남양유업 관계를 고려할 때 순수 학술 목적을 넘어 사실상 불가리스를 홍보해 「식품표시광고법」 제8조 위반으로 판단하고 있다.”라고 밝혔다. 그리고 「식품표시광고법」 위반 혐의로 고발된 남양유업에 식약처는 영업 정지 2개월의 행정 처분을 내렸다. 이 처분으로 인해 남양유업이 세종시 공장에서 생산하는 우유와 요구르트, 치즈 등의 유가공 제품은 두 달 동안 판매가 금지되었다. 사건 발생 사흘 만인 4월 16일에서야 남양유업은 사과문을 발표하였고, 결국 이 사건으로 8년 전과 마찬가지로 남양유업은 또다시 불매 운동을 겪게 됐다. 이 사건 이후 사세가 급격히 기울기 시작하였다.
다른 유가공 업체와 달리 남양유업은 우유 사업보다 분유 사업에 먼저 뛰어들었고, 국내 최초로 분유를 판매하였다. 1970년대에 ‘우량아 선발대회’를 주관하여 회사 인지도를 높여 성장하였다.