대한불교조계종 제22교구 본사인 대흥사(大興寺)의 말사이다. 신라 말 국사 도선(道詵)이 창건하였다. 원래 이곳에는 문수사(文殊寺)라는 절이 있었으며 도선이 어린 시절을 보냈던 곳이다.
전설에 의하면, 도선의 어머니 최씨(崔氏)가 빨래를 하다가 물 위에 떠내려 오는 참외를 먹고 도선을 잉태하여 낳았으나 숲속에 버렸다. 그런데 비둘기들이 날아들어 그를 날개로 감싸고 먹이를 물어다 먹여 길렀으므로 최씨가 문수사 주지에게 맡겨 기르도록 하였으며, 장성한 그가 중국을 다녀와서 문수사 터에 이 절을 창건하였다고 한다.
그 뒤 1456년(세조 2) 신미(信眉)와 수미(守眉)가 중건하여 전부 966칸에 달하는 당우가 들어섰으며, 부속암자로 상동암(上東庵) · 하동암 · 남암(南庵) · 서부도암(西浮屠庵) · 동부도암 · 미륵암(彌勒庵) · 비전암(碑殿庵) · 봉선암(鳳仙庵) · 대적암(大寂癌) · 상견암(上見庵) · 중견암 · 하견암 등이 있었다.
최근에는 1977년 명부전과 해탈문을 제외한 전 당우가 소실되었으나, 1981년 대웅보전 복원을 시작으로 점차 옛 전각에 대한 복원불사가 이루어지고 있다.
현존하는 당우로는 대웅보전(大雄寶殿) · 명부전(冥府殿) · 미륵전(彌勒殿) · 국사전(國師殿) · 해탈문(解脫門) · 일주문 및 요사인 세진당(洗塵堂)이 있다.
이 중 1962년 국보로 지정된 도갑사 해탈문은 1473년(성종 4)에 중건하였으며, 좌우에 금강역사상이 안치되어 있다. 또, 미륵전 안에는 고려시대의 작품으로 1963년 보물로 지정된 석조여래좌상이 봉안되어 있으며, 1992년 보물로 지정된 도갑사소장 동자상이 있다.
이밖에도 대웅보전 앞과 뒤에는 1987년 전라남도 유형문화재(현, 유형문화유산)로 지정된 오층석탑 및 삼층석탑 등 고려시대의 석탑 2기와 1974년 전라남도 유형문화재로 지정된 도선 · 수미의 비가 있다. 이 중 도선 · 수미비는 비문에 의하면 1636년(인조 14)에 건립을 시작하여 1653년(효종 4)에 완성한 것으로, 조각의 솜씨와 비문의 필치가 섬세하고 우수하여 주목을 끈다.
또한, 1987년 전라남도 유형문화재로 지정된 수미왕사비, 1987년 전라남도 유형문화재로 지정된 석조가 있다. 이 절의 주위에는 1972년 국보로 지정된 월출산마애여래좌상을 비롯하여, 도선이 디딜방아를 찧어 도술조화를 부렸다는 구정봉(九井峰)의 9개 우물, 박사 왕인(王仁)이 일본에 건너간 것을 슬퍼한 제자들이 왕인이 공부하던 동굴입구에 새겼다는 왕인박사상 등이 있다. 절일원이 1984년 전라남도 문화재자료로 지정되었다.