대한불교조계종 제24교구 본사인 선운사(禪雲寺)의 말사이다. 문수산은 청량산(淸凉山) 또는 축령산(鷲嶺山)이라고도 부른다. 644년(의자왕 4) 자장(慈藏)이 창건하였다.
사찰 연기 설화에 의하면, 자장이 당나라에서 귀국하는 길에 이곳을 지나게 되었다. 이 산이 당나라에서 수행하였던 청량산과 같은 느낌을 주므로, 이곳의 석굴에서 7일 동안 정성껏 기도를 드렸다.
어느 날 땅 속에서 문수보살(文殊菩薩)이 나오는 꿈을 꾸자 그곳을 파보니 문수석상이 나왔다. 이에 그곳에 문수전을 건립하고 절 이름을 문수사라 하였다고 한다. 그 뒤 1607년(선조 40)에 중건하였으며, 1653년(효종 4) 성오(悟性)와 상유(尙裕)가 대웅전을 중건하고 삼존불상을 봉안하였다.
1764년(영조 40)에는 신화(信和)와 쾌영(快英)이 선운사에서 이곳으로 와 대웅전을 중수하고 양진암(養眞庵)을 창건하였다. 1835년(헌종 1)에는 우홍(牛弘)이 중수하여 오늘에 이르고 있다.
현존하는 당우로는 대웅전을 비롯하여 문수전 · 한산전 · 금륜전 · 만세루 · 요사 · 산문(山門) 등이 있다. 1974년 전라북도 유형문화재(현, 전북특별자치도 유형문화유산)로 지정된 문수사대웅전은 건립연대가 미상이지만 1823년(순조 23)의 1차 중수 이후 1876년 고창현감 김성로(金星老)의 시주로 묵암(默庵)이 중수하여 오늘에 이르고 있다.
정면 3칸, 측면 2칸의 맞배지붕이고 건평은 66㎡이다. 1974년 전라북도(현, 전북특별자치도) 유형문화재로 지정된 문수사 문수전에는 이 절의 연기 설화와 관련된 문수석상이 안치되어 있다.
이 석상은 상체가 큰 불상으로 좌대와 하반신 일부가 땅속에 묻혀 있는 것이 특색이며, 높이 2.25m이다. 부속암자로는 1618년(광해군 10) 인해(仁海)가 창건하고 1690년(숙종 16) 종희(宗僖)가 중건한 내원암(內院庵) · 양진암(養眞庵)이 있다.