「축령산문수사중건사적」, 「문수사한산전중창상량문」, 「축령산문수사내원초창상량문」에 따르면 1607년(선조 40)에 절을 중건했으며, 1653년(효종 4) 성오(悟性)와 상유(尙裕)가 대웅전을 중건하고 삼존불상을 봉안했다. 1764년(영조 40)에는 신화(信和)와 쾌영(快英)이 선운사에서 이곳으로 와 대웅전을 중수하고 양진암(養眞庵)을 창건했다. 1876년(고종 13)에는 고창현감 김성로(金星老)의 시주로 승려 묵암(默庵)이 대웅전을 중수했다. 문수사에서는 1411년(태종 11)에 『대전화상주심경(大顚和尙注心經)』과 1424년(세종 6)에 『영가진각선사증도가(永嘉眞覺禪師證道歌)』와 1534년(중종 29)에 『법화영험전(法華靈驗傳)』 등의 목판본이 간행됐다. 현대에는 승려 경만, 재석이 주석했고, 1989에는 법연이 칠성각을 지었다. 1997년에는 한산전을 해체, 복원했고, 범종을 조성하고 범종각을 세웠다.
현존하는 당우로는 대웅전을 비롯하여 문수전 · 한산전 · 금륜전 · 만세루 · 요사 등이 있다. 부속 암자로는 1618년(광해군 10) 인해(仁海)가 창건하고 1690년(숙종 16) 종희(宗僖)가 중건한 내원암(內院庵) · 양진암(養眞庵)이 있다. 전라북도(현, 전북특별자치도) 유형문화유산으로 지정된 문수사 대웅전은 정면 3칸, 측면 2칸의 맞배지붕이고 건평은 66㎡이다. 전라북도 유형문화유산인 문수사 문수전에는 이 절의 연기 설화와 관련된 일명 문수보살상인 문수석상이 안치되어 있다. 이 석상은 전라북도 문화유산 자료로 지정되었는데, 상체가 큰 석조승상으로 좌대와 하반신 일부가 땅속에 묻혀 있는 것이 특색이며, 높이 2.25m이다.
문수사에는 2개의 보물이 소장되어 있다. 보물 제1918호 목조 석가여래삼불좌상은 석가여래좌상과 아미타여래좌상에서 발견된 발원문과 1756년의 「文殊寺創建記」 현판, 1843년의 「高敞懸鷲領山文殊寺寒山殿重刱記」 현판을 통하여 1654년에 15인의 조각승에 의해 조성된 불상으로 밝혀져, 조선 후기 불교 조각사 연구의 중요한 자료이다. 보물 제1920호 목조지장보살좌상 및 시왕상은 1630년대부터 무염의 문하에서 조각 수업을 배운 수조각승 해심이 제작한 것으로 추정된다. 이 밖에 문수사에 남아 있는 승탑 6기 중 2기가 전라북도 유형문화유산 제154호로 지정되었다. 문수사 앞의 문수사 단풍나무 숲은 천연기념물 제463호로 지정되었다.