대한불교조계종 직할 사찰이다. 사찰명이 원통사(圓通寺), 원통암(圓通庵), 보은사(報恩寺)로도 기록되어 있다. 보문사의 창건 및 주1과 관련하여 조선 후기 홍양호(1724~1802)의 『이계집(耳溪集)』 「보은사중수기(報恩寺重修記)」에서는 원통사가 언제 창건되었는지 알 수 없으며 백여 년 동안 퇴락하자, 유인(宥牣) 등 여러 승려들이 새로 주2 사찰명을 ‘보은사(報恩寺)’로 바꾸었다고 하였다. 그런데 1887년(고종 24)에 찬술된 「원통암대법당사중수상량문(圓通庵大法堂四重修上樑文)」에서는 864년(경문왕 4) 도선(道詵)이 창건하고, 1053년(문종 7) 관월(觀月)이 중창했으며, 1392년(태조 1) 천은(天隱)이 다시 중창했다고 기록하고 있다. 상량문의 이러한 기록은 역사적 근거를 찾을 수 없다.
1810년(순조 10) 청화(淸和)가 중창하였으며, 1887년(고종 24) 응허 한규(應虛漢奎)가 법당을 수리하였다. 1928년 비구니 자현(慈賢)이 사찰의 중건을 발원하고 설악산에 있는 춘성(春城)을 청하여 천일관음기도를 시작하였고, 1929년 불전을 신축하는 한편, 주3을 청하여 아미타불과 지장보살상을 조성하여 봉안하였다. 1931년에 천일기도가 끝나자 그해 겨울 지리산의 보응과 함께 만일회(萬日會)를 개설하였다. 그 뒤 1933년에 칠성각을, 1936년에는 법당 일부와 대방(大房)을 중수하였다. 이때 사찰명을 원통사에서 ‘보문사’로 바꾸었다. 1938년에는 독성각을 건립하였다. 현재는 사찰명을 다시 ‘원통사’로 바꾸었다.