대한불교조계종 제13교구 본사인 쌍계사(雙磎寺)의 주1이다.
683년(신문왕 3)에 원효(元曉)가 이곳에 주2을 짓고 수도하면서 관세음보살을 친견한 뒤 산 이름을 보광산(普光山)이라 하고 주3의 이름을 보광사(普光寺)라 하였다고 전하지만 역사적 신빙성은 거의 없다. 다만 산 이름과 관련하여 <남해금산영응기적비(南海錦山靈應紀蹟碑)>에서, 태조 이성계가 보광산 아래에서 하늘에 제사를 지냈으며, 왕위에 오른 후 산이 비단으로 둘러쳐져 있는 것 같다고 하여 산 이름을 ‘금산’으로 고쳤다고 하였다.
보리암에는 고려시대에 조성된 것으로 여겨지는 <보리암전 삼층석탑>이 전해 온다. 이 탑과 관련하여, 허황후가 인도에서 가져온 사리를 원효대사가 이곳에 모셔 두었다고 하는 전설이 전해 온다.
1481년(성종 12)에 편찬된 《동국여지승람》에서는 “보리암(菩提庵), 상도솔암(上兜率庵), 중도솔암(中兜率庵) 모두 금산에 있으며 남쪽 바다를 굽어본다.”라고 하였다. 17세기에는 미수 허목(1595~1682)의 <범해록(泛海錄)>에서 “산꼭대기에서 남쪽으로 석벽을 타고 내려와 보리암에서 휴식하였다.”라고 하였다. 1859년(철종 10)에 금산 아래에 ‘전패(殿牌)’를 봉안하였다가 후대에 보리암으로 옮겼으며, 1898년(광무 2)에 다시 남해 용문사로 옮겼다. 1901년에 낙서(樂西)와 신욱(信昱)이 주4, 1954년에 동파(東波)가 중수하였으며, 1969년에는 주지 양소황(梁素滉)이 주5 오늘에 이르고 있다.
현존하는 주6로는 보광전(普光殿)을 비롯하여 간성각(看星閣) · 산신각 · 범종각 · 주7 등이 있다.강원 양양군 낙산사 홍련암, 경기 강화도 보문사와 더불어 우리나라 3대 관음 기도처의 하나로 널리 알려져 있으며, 금산 일대는 2008년에 명승으로 지정되었다.
보리암에는 경상남도 유형문화유산 2점이 소장되어 있는데, 고려시대에 조성된 <삼층석탑>과 17세기에 조성된 것으로 판단되는 <목조관음보살좌상 불감>이다.