보현사는 혜감국사 만항이 창건했다고 전해지는 사찰이다. 읍지에서 고려 말 민지가 왕명으로 보현사 기문을 지었다고 서술하고 있지만 그 문헌이 전하지 않아 확인할 수 없다. 언제 폐사되었는지 알 수 없으나 1931년 이봉기가 중창하였다.
한국불교태고종 소속 사찰이다. 18세기에 편찬된 남원의 읍지인 『용성지』에 보현사에 대해 다음과 같이 언급하고 있다.
보현사는 마행산(馬行山)에 있다. 1306년(충렬왕 32)에 혜감국사 만항(12491319)이 작은 암자에 머물다가 꿈에서 평생 수도할 곳의 계시를 받고 절을 지어 1313년(충선왕 5)에 완공했다. 1318년(충숙왕 5)에 민지(12481326)가 왕명으로 보현사의 기문을 지었다. 그리고 1692년(숙종 18)에 처능(處能)이 선당을 중수할 때 옛날 상량문에서 “1308년(충렬왕 34) 7월 20일에 중창하다”라는 글이 발견되었다. 소속 암자로 남암(南庵), 동암(東庵), 상대암[上臺庵](다른 이름으로 비금암(飛金庵)이라고도 함)이 있다. 새로 짓거나 증축한 건물로 주1, 시왕전(十王殿), 나한전, 정루(正樓), 승당, 주2, 서상실(西上室), 약사전, 문수전, 만월당, 조사전이 있다.
위의 내용에서 창건주로 언급된 만항은 송광사 16국사 중 제10대 국사이며, 시호는 혜감(慧鑑)이고 탑호는 광조(廣照)이다. 그와 관련된 기록에서 보현사가 보이지 않으므로 만항이 보현사를 창건했다는 이야기를 증명할 길이 없으며, 민지의 글 역시 남아 있지 않으므로 고증하지 못한다.
1481년(성종 12)에 편찬된 주3, 위에서 언급한 『용성지』, 1799년(정조 23)에 편찬된 『범우고』에 사찰명이 ‘보현사(寶賢寺)’로 기록되어 있다. 명칭에서 한자가 다르긴 하지만 같은 사찰로 볼 수 있으므로 보현사가 조선 후기까지 존속되어왔음을 알 수 있다. 보현사가 언제 폐사되었는지 알 수 없으나 1931년 이봉기가 중창하였고 1973년에는 법당과 요사를 지었다.
1991년 태고종 승려 정봉이 이봉기로부터 절을 인수 받았다. 이후 정봉이 사망하자 부인인 경환이 정봉의 뒤를 이어 절의 주지를 맡았다.