본관은 파평(坡平). 자는 미중(美仲), 호는 기천(岐川). 윤무(尹珷)의 증손으로, 할아버지는 윤돈인(尹敦仁)이다. 아버지는 상호군 윤대로(尹大老)이며, 어머니는 이원록(李元祿)의 딸이다.
1589년(선조 22) 진사시에 합격하고 1596년 별시 문과에 병과로 급제, 1600년 주서를 지내고 예조좌랑·지평·공조정랑을 거쳐 1605년 평양부서윤을 지냈다. 1610년(광해군 2) 죽주부사를 지낼 때는 임기가 끝났으나 민원으로 1년 더 유임하였다.
분승지(分承旨)·분병조참의(分兵曹參議)로 있을 때 1613년 이이첨(李爾瞻) 등이 주도한 폐모론(廢母論)에 참여하지 않아 파직되어 양근에 은거하였다. 1621년 접반사(接伴使)로서 명나라 유격장(遊擊將) 모문룡(毛文龍)을 맞으러 가도(椵島)에 건너갔다.
1623년(인조 1) 해주목사가 되었고 이듬 해 이괄(李适)의 난이 일어나자 군사를 인솔하고 관찰사를 따라 종군하고, 1627년 정묘호란 때는 왕세자를 모시고 전주에 피란하였다. 뒤에 장례원판결사가 되어 사무를 신속히 처결하였다. 1636년 병자호란으로 왕을 모시고 남한산성에 피란할 때 사태가 위급해지자 모두 도망쳤으나, 윤경은 태연하게 인장과 문서를 보관하고 보통 때와 같이 정사를 처리했다 한다.
난이 끝난 뒤 그 공로로 병조참의에 임명되고 가선대부(嘉善大夫)에 올랐고, 다시 도총부도총관을 거쳐 이천부사를 역임하고 사임한 뒤 해주에 내려갔다. 1645년 공조참판에 오르고 이듬 해 자헌대부(資憲大夫)가 되어 기로소(耆老所)에 들어갔다. 1656년(효종 7) 90세의 나이로 숭정대부(崇政大夫)에 올라 공조판서가 되고 1660년(현종 1) 판돈녕부사에 이르렀다. 시호는 정희(靖僖)이다.