1894년(고종 31)에 동학농민군이 전국에서 봉기하자 그 토벌에 관군으로 참여하였다. 충청도 공주감영으로 파견된 진남영군 100명 가운데 80명은 10월 3일 전라도 연산과 진잠 등지를 순찰하고 돌아오던 길에, 대전에서 큰 집회를 열고 있는 동학농민군들을 만났다.
이에 그 집회 장소로 가 해산을 종용하였으나 오히려 농민군은 이들을 포위하였다. 이에 영관 염도희와 대관 이종구는 자결하고, 교장 박춘빈도 두 사람을 구하기 위해 달려들다가 뜻을 이루지 못하고 자결하였으며, 농민군에 의해 장졸 73명이 일시에 살해되었다.
1895년(고종 32)에 군제가 개편되면서 폐지되었다.