육군에서 2000년 4월 6·25전쟁 50주년 기념사업으로 3년간의 국군 전사자 유해발굴사업으로 추진되었다. 사업이 성과가 크고 국민적 호응을 받자, 2003년 호국 보훈 관계 장관 회의에서 사업을 지속하기로 결정하였다. 이어 2005년 6월에는 전사자 유해발굴사업을 영구히 추진하기로 결정하면서 2007년에 국방부 유해발굴감식단이 창설되었다. 2008년에는 6·25전사자 유해발굴 등에 관한 법률이 제정되었다.
2007년에 대한민국 국방부 유해발굴감식단이 창설되어 6·25전쟁 전사자 유해의 조사 · 발굴 및 신원 확인 등에 관한 업무를 수행하게 되었으며, 2008년도에 「6·25전사자 유해발굴 등에 관한 법률」이 제정되면서 본격적으로 전사자 유해발굴사업이 시작되었다.
국방부 유해발굴감식단의 역할은 전사자 유해의 소재 조사 및 발굴, 전사자 유해의 신원 및 유가족 확인, 전사자 유해 발굴 자료의 수집 · 보존 및 관리, 전사자 유해 발굴 홍보 및 그 밖에 국방부 장관이 전사자 유해의 조사 · 발굴 및 신원 확인과 관련해 지시하는 사항 등이다. 또한, 전사자 유해의 조사 · 발굴 · 신원확인 등 업무의 객관성 · 공정성 유지 및 학술적 자문을 위해 발굴단에 유해발굴감식위원회를 두며, 위원회는 전사자 유해 인정 및 신원 확인, 포상금 지급, 손실 보상 등의 업무를 담당한다.
6·25전쟁 당시 국군의 전사자 수는 12만 3,000여명으로 추정되며, 그 외에도 부상병 45만 742명, 실종 및 포로가 3만 2,838명으로 추정된다. 유해발굴사업에서 2000년부터 2022년까지 총 1만 3,147구의 유해를 발굴하였고 총 8만 6,575명의 유가족 DNA 시료를 채취하였으며 전사자 204명의 신원을 확인했다.