대한불교조계종 제24교구 본사인 선운사(禪雲寺)의 말사이다.
636년(무왕 37) 영은조사(靈隱祖師)가 창건하여 영은사(靈隱寺)라 하였으며, 이때의 가람규모는 50여 동이었다고 한다. 1098년(숙종 3) 행안(幸安)이 전각과 당우를 새로 건립하고 중창하였다. 1468년(세조 14) 정혜루를 건립하였다.
1539년(중종 34) 내장산의 승도탁란사건(僧徒濁亂事件)이 일어나자, 중종은 내장사와 영은사가 도둑의 소굴이라 하여 절을 소각시켰다. 이때까지만 해도 내장사와 영은사는 독립된 2개의 사찰이었다. 1557년(명종 12) 희묵(希默)이 영은사의 자리에 법당과 요사채를 건립하고 절 이름을 내장사로 고쳤으나, 정유재란 때 전소되었다.
1639년(인조 17) 영관(靈觀)이 법당 등을 중수하고 불상을 개금(改金)하였으며, 1779년(정조 3) 영운(映雲)이 대웅전과 시왕전(十王殿)을 중수하고 요사채를 개축하였다. 1923년 학명(鶴鳴)이 절을 벽련암(碧蓮庵)의 위치로 옮겨 짓고 벽련사라 하였으며, 옛 절터에는 영은암을 두었다. 1938년 매곡(梅谷)이 현재의 자리로 옮겨 대웅전을 중수하고 명부전과 요사채를 신축하였다.
1951년 1월 12일 불탄 뒤 중건을 보지 못하다가, 1957년 요사인 해운당을 건립하였고, 1958년 대웅전을 건립하였다. 1960∼1962년과 1974∼1977년에 중건하였고, 1992년 요사인 향적원(香積院)과 종각을 건립하였으며, 1997년 해운당을 중건하였다.
현존하는 당우로는 대웅전 · 극락전 · 관음전 · 명부전 · 선원(禪院) · 정혜루(定慧樓) · 사천왕문(四天王門) · 일주문(一柱門) · 요사채 · 종각 등이 있다. 국가유산으로는 1974년 전라북도 유형문화재(현, 전북특별자치도 유형문화유산)로 지정된 내장사 조선동종과 부도 등이 있다.
이 중 내장사 동종은 장흥 보림사(寶林寺)에 있던 것을 1890년(고종 27)에 영담(映曇)이 옮겨 온 것으로, 윤광형(尹光衡)과 조한보(趙漢寶)가 시주하여 1768년에 주조하였다는 명문이 있다. 높이 80㎝, 구경 50㎝의 중종이며, 용머리의 정교한 문양과 맑은 음향으로 조선시대의 수작으로 평가받고 있다. 1943년에 무기 제작을 위해 강제 징발되었다가 다시 찾았다고 한다.
부속 암자로는 벽련암 · 원적암(圓寂庵) · 불출암(佛出庵) · 정재암(淨齋庵) · 영은암(靈隱庵) · 월조암(月照庵) · 삼청암(三淸庵) · 금선암(金仙庵) · 은선암(隱仙庵) · 천진암(天眞庵) · 남산암(南山庵) · 용굴암(龍窟庵) 등이 있었으나, 현재는 원적암과 영은암만이 남아 있다. 절 주위에는 빼어난 경치의 명승지가 많으며, 내장산 안에 있는 산성은 임진왜란 때 희묵이 제자 희천(希天)에게 쌓게 한 것이다.