외국에서 우리 나라에 내항하거나 우리 나라에서 외국으로 출항하는 선박·항공기·차량 및 승객·승무원과 모든 하물(荷物)에 대한 예방조치를 취하여 전염병의 국내외 전파를 방지하는 업무를 관장하는 보건복지부의 산하기관이다.
검역의 대상이 되는 전염병은 콜레라·페스트·황열로, 이것은 세계보건기구(WHO)에서 국제보건규칙으로 정하여 국제간 공통적으로 적용된다. 1907년 부산항에서 한국 최초로 검역업무가 시작되었다.
이어 인천·목포·여수·군산 순으로 항만검역소(港灣檢疫所)가 발족되었으며, 대한민국 정부가 수립된 뒤 1949년 해·공항검역소 직제가 법으로 공포되어 그 동안 여러 번의 직제 개정을 거쳐 현재는 13개 국립검역소(서울·부산·인천·군산·목포·여수·통영·마산·김해·울산·포항·동해·제주)와 11개 지소로 운영되고 있다.
국립검역소가 관할하는 검역항은 공항검역항이 7개 항(김포국제공항·김해국제공항·제주국제공항·청주국제공항·오산군용비행장·광주비행장·대구비행장)이며, 해항검역항은 27개 항(부산항·인천항·평택항·군산항·장항항·보령항·대산항·목포항·완도항·여수항·광양항·삼천포항·통영항·장승포항·옥포항·고현항·마산항·진해항·울산항·포항항·삼척항·동해항·묵호항·속초항·제주항·서귀포항)으로 정해졌다. 모든 선박·항공기는 특별한 경우 이외에는 검역항 내에 지정된 검역장소에서 검역을 마쳐야만 입국할 수 있다.
검역소의 주요 업무는 선박·항공기 및 사람과 모든 물건에 대한 검역, 전염병의 역학조사, 전염병 환자의 격리 수용 및 치료, 예방접종, 선박·항공기의 위생검사 및 소독, 세균검사, 수입식품에 대한 처리, 검역구역 내의 보건위생관리 등이다.
또한, 세계보건기구를 통하여 각국의 전염병 발생에 관한 정보를 상호 교환하여 전염병 예방에 효과적으로 대처하고 있다.
특히, 오염지역에서 입국하는 해외 여행자에 대해서는 필요하다고 판단될 경우추적조사를 실시하여 이들 중에서 보균자를 찾아 격리 수용한 뒤, 완전 치유하게 함으로써 내국인의 건강을 보호하는 데 역점을 두고 업무를 수행하고 있다.