1892년(고종 29) 봄 이일직(李逸稙)이 병조판서 민영소(閔泳韶)의 밀지에 따라 갑신정변 이후 일본에 망명해 있던 김옥균(金玉均)·박영효를 암살하기 위하여 일본으로 건너갈 때 이일직의 하수인으로 형인 권동수(權東壽)와 함께 건너갔다.
권재수는 일본에 유람을 하러 갔으며, 권재수가 암살음모에 가담한 것은 1894년 음력 2월 7일 이일직과 홍종우(洪鍾宇)로부터 가담을 권유받은 이후부터라는 설도 있다.
1894년 2월 하순 이일직으로부터 권동수와 함께 각각 권총 한자루와 일본도 한자루씩을 지급받고 박영효가 설립, 운영하고 있던 친린의숙(親隣義塾)에 가서 박영효를 암살하라는 지시를 받았으나 이를 실행하지 않고, 그날 오후 동경에 있는 일본주재 조선공사관에 가서 보호를 요청하였다.
그런데 일본정부가 박영효암살미수사건과 관련, 권재수를 조사하기 위하여 조선공사관에 권재수의 신병인도를 요청하고, 이를 조선공사관이 거절함에 따라 권재수의 신병처리는 양국간의 외교문제로 등장하게 되었다.
이에 일본정부는 조선정부의 통리아문(統理衙門)에 직접 교섭하였고, 통리아문이 일본주재 조선공사관에 훈령(訓令)을 내림에 따라 권재수는 일본정부에 인도되고 일본의 동경재판소에서 예심을 받았다. 그러나 박영효암살 예비행위만 하였다고 하여 면소되었다.