1919년 4월에 조직된 대한독립단은 구 왕조에 충성을 다하려는 복벽주의노선(復辟主義路線)을 채택하고 있었기 때문에, 공화주의를 채택한 대한민국 임시정부와는 이념상 대립적인 관계를 보일 수 밖에 없었다.
이때 소장층이 복벽주의 노선에 반발하던 중, 연호 사용 문제가 발생하여 노유층(老儒層) 지도부와 대립이 더욱 첨예화되면서, 결국 노유층이 중심이 된 기원독립단과 소장층이 중심이 된 민국독립단(民國獨立團)으로 분립되었다.
기원독립단은 박장호(朴長浩) · 백삼규(白三圭) 등이 지도하였으며, 총단장대변(總團長代辯) 이웅해(李雄海), 총무 부장 김평식(金平植), 재무 부장 전덕원(全德元), 검찰 부장 강규묵(康圭默), 참모 부장 김정희(金鼎熙, 일명 尙彬), 참모 백진해(白鎭海), 독립군 대장 채원개(蔡元凱) · 백경수(白庚洙) 등으로 임원진이 구성되었다.
그런데 분립이 된 뒤에도 민국독립단과는 계속 협력하며, 남만주와 국내에서 진행된 군자금 모금, 일본 경찰 및 행정 기관 공격, 밀정을 포함한 친일파 처단 등의 활발한 무장 투쟁을 전개하였다.
통합된 정규군을 조직하는 데 참여하여 1920년 2월 임시정부에 인준을 요청하였다. 군제와 군법의 정비를 거쳐 1920년 7월 26일 「대한광복군참리부규정」, 「대한광복군사령부규정」, 「대한광복군영규정」을 제정하였고 8월 1일을 시행일로 삼아 공포하였다. 이로써 민국독립단 · 한족회(韓族會) · 대한청년단연합회 등과 더불어 광복군사령부로 통합되었다. 그렇지만 계속해서 대한독립단의 이름 아래 투쟁하였다.
1910년대부터 1920년대 전반까지 해외에서 항일 무장활동을 전개함으로써, 독립운동사에서 하나의 큰 맥락을 이루는 복벽주의 노선의 무장투쟁사로 뚜렷한 위치를 차지하고 있다.