장관은 국무위원이며, 직속기관으로 지방행정연수원 · 해양경찰대(지금은 해양경찰청) · 경찰대학 · 경찰종합학교 · 국립과학수사연구소 · 경찰병원 및 소방학교 등이 있었다. 내무부는 대한민국 정부수립과 더불어 1948년 11월 4일 발족되었으나, 그 조직과 기능은 시대와 정부의 행정개편에 따라 많은 변천을 겪어왔다. 발족 당시에는 지방국 · 치안국 · 건설국 등 3개국으로 편제되어, 지방행정과 치안 및 건설행정을 관장하였다.
1955년 통계국이 신설되었으나, 1961년 중앙행정기관으로 경제기획원이 설치되면서 통계국이 경제기획원으로, 토목국은 국토관리청으로 이관되었다. 1963년 각종 정책과 기획의 종합 · 조정을 위하여 기획관리실을 설치하였고, 1973년 새마을담당관을 설치하였으며, 1974년 치안행정수요의 증대에 따라 치안국을 치안본부로 상향개편하고, 그 밑에 제1·2·3부를 두는 부제를 신설하였다.
1975년 민방위대가 창설되면서 이의 효율적인 운영관리를 위하여 민방위본부를 신설하여, 그 밑에 민방위국과 소방국을 설치하였다. 1977년 지방행정차관보를 두고 지방국을 개편하여 지방행정국 · 지방재정국 · 지방개발국을 설치하였으며, 1980년 지방개발국을 폐지하여 지방행정국에 통합하였으나, 점증하는 지역개발수요에 효율적으로 대처하기 위하여 1984년 지방개발국을 다시 설치하였다.
1987년 차관 밑에 지역경제담당관을 신설하였고 1988년 지방개발국을 폐지하여 지방세제국을 신설하였다. 1991년 지역경제담당관을 지역경제국으로 개편하였으며, 그 해 7월 23일에는 민생치안역량강화와 경찰청의 중립성 보장을 위하여 치안본부가 경찰청으로 확대 · 개편되었다. 1992년 지방기획국을 신설하였고 1994년 지방세심사관을 폐지하고 지방심사과를 신설하였고 방재국을 신설하였으며, 1995년 재난관리국을 신설하였다.
1986년 조직은 차관보 · 기획관리실을 비롯하여 치안본부 · 민방위본부 등 2본부, 지방행정국 · 지방재정국 · 지방개발국 · 민방위국 · 소방국 등 5국, 치안본부의 제1·2·3·4부 등 4개 부, 공보관 · 비상계획관 · 감사관 등 3담당관 및 46과를 두었다.
공보관은 내무행정의 공보업무에 관하여 장관을 보좌하고, 비상계획관은 국가비상사태에 대비하기 위한 내무부 비상계획의 종합조정 및 통제업무에 관하여 차관을 보좌하며, 감사관은 소속기관과 지방자치단체에 대한 감사 및 공무원의 비위조사업무 등을 담당하였다. 기획관리실은 내무행정의 종합기획과 예산관리, 조직 및 정원운영, 심사분석 · 법제 · 소송수행업무 등을 관장하였다.
지방행정부서인 지방행정국은 지방자치단체에 대한 종합적 지도 · 감독과 조직 및 정원관리, 지방공무원의 인사관리, 행정구역 · 주민등록 · 사회지도업무 등을 관장하였으며, 지방재정국은 지방자치단체의 재정지도감독과 지방세운영, 지적관리업무 등을 담당하였고, 지방개발국은 새마을운동의 총괄기획 및 지도, 지역개발 · 특수지역개발 · 지방도로개발 · 자연보호업무 등을 담당하였다.
치안본부의 제1부는 치안행정의 종합기획과 조직 및 정원운영, 인사교육 · 잡비 · 통신업무 등을 담당하고, 제2부는 보안 · 청소년선도 · 교통안전 · 경찰작전업무 등을 관장하며, 제3부는 범죄수사와 감식, 외사 · 전산업무 등을 담당하였고, 제4부는 정보관리 및 분석업무 등을 관장하였다.
민방위본부의 민방위국은 민방위계획의 종합조정과 민방위대원관리 · 민방위교육 · 훈련업무 등을 관장하고, 소방국은 화재예방지도 · 소방업무 등을 관장하고 있다. 1998년 2월 28일 지방자치를 강화하고 중앙정부조직을 축소하려는 정부의 정책에 따라 <정부조직법> 개정에 따라 내무부와 총무처가 통합되어 국무총리 소속하의 행정자치부가 되었다. 행정자치부는 지금의 행정안전부이다. →행정자치부