1395년(태조 4)에 무학대사(無學大師)가 조선의 무궁한 발전을 기원하기 위하여 창건하였다. 창건 당시 무학은 약사여래(藥師如來)를 봉안하고 약사사(藥師寺)라고 하였다. 1468년(세조 14)에는 사승(寺僧)들이 중건하였고, 1882년(고종 19)에 임오군란으로 불탄 것을 이듬해 청계(淸溪)와 덕운(德雲)이 중창하였다.
1898년에는 운담(雲潭)·영암(永庵)·취봉(翠峰) 등이 명부전(冥府殿)을 중건하였고, 1913년에는 칠성각을, 1939년에는 염불암(念佛庵)을 창건하였으며, 1977년에는 일주문(一柱門)에서 조금 올라간 곳에 아담한 2층 건물을 지어 아래는 천왕문(天王門), 위는 일음루(一音樓)라는 종루를 세워 오늘에 이르고 있다.
그러나 이 절을 언제 봉국사로 이름을 바꾸었는지는 알려지지 않고 있다. 현존하는 당우로는 만월보전(滿月寶殿)을 비롯하여 염불당(念佛堂)·용왕각(龍王閣)·명부전·삼성각(三聖閣)·독성각(獨聖閣)·요사채 등이 있다.