우리나라에서도 1960년 1월부터 국공립학교 교직원은 일반공무원과 같이 공무원연금제도의 적용을 받았으나, 사립학교교직원은 일반근로자와 같이 「근로기준법」에 의한 퇴직금 등을 지급받았다.
그러나 사립학교를 운영하는 학교법인중에는 퇴직금 등을 제대로 지급하지 못하는 사례도 있었으며, 이에 사립학교를 경영하는 학교법인 및 사립학교교직원을 국가가 지원하기 위하여 1975년 1월부터 학교법인·사립학교교직원본인 및 국가가 일정한 부담을 하고 교직원의 퇴직·사망 등의 경우에는 급여를 지급하도록 하였다.
이에 따라 부담금을 징수하고 각종 급여를 지급하며 자산을 운영하기 위한 조직으로 설치되었다. 공단의 임원으로 이사장 1인, 2인 이내의 상무이사, 6인 이내의 이사 및 감사 1인을 두고, 최고심의기관으로 이사장·상임이사 및 이사로 구성되는 이사회를 두며, 예산 및 기타 주요업무에 관하여는 교육부장관의 감독을 받도록 되어 있다.
사립학교교직원의 연금업무를 수행함에 따라 사립학교교직원도 국공립학교교직원과 같이 2세교육에 전념할 수 있는 여건이 조성되었다 하겠다. 1990년대 후반에 모든 국민이 연금대상이 됨에 따라 각종 연금을 통합하자는 논의가 진행됨으로써 사학연금이 국민연금 제도 안에서 그 기능을 수행하고 있다.
2010년 1월 1일부로 사립학교교원연금관리공단이 사립학교교직원연금공단으로 명칭을 변경하였다. 2014년 12월 사립학교교직원연금공단이 전라남도 나주시 문화로 245(빛가람동)로 이전을 완료하고 업무를 수행하고 있다.