이 업무는 대한민국정부 수립 후 1948년 11월 농림부에 산림국이 설치됨으로써 시작되었다.
그 뒤 산림의 보호·육성, 국토보전 및 국민경제의 발전을 확충하기 위하여 1966년 8월 농림부 소속의 산림청으로 승격되었고, 1973년 3월「정부조직법」 개정으로 지방행정관청에 의한 산림의 보호육성에 만전을 기하기 위하여 내무부 산하의 외청으로 옮겼다가 1986년 다시 농림수산부, 1996년에는 농림부 산하로 들어갔다. 이후 2008년에 농림수산식품부 소속을 거쳐 2013년에는 농림축산식품부 소속이 되었다.
1998년 2월 당시 조직은 차관급 정무직의 청장 밑에 공보담당관, 1급 별정직의 차장 밑에 기획관리관·감사담당관 및 비상계획담당관을 두고, 임업정책국·자원조성국·산림경영 등 3국 6과로 편제되어 있으며, 그 기능은 조림·사방 및 육림과 우량종묘 개발 및 보급, 산림사고 및 병충해방제와 야생조수의 보호, 목재수급의 조정과 해외산림자원개발 및 임산물 수출입, 그리고 경영기술 개발지도를 통한 임산소득의 증대업무 등을 담당하고 있다.
관장사무를 지원받기 위하여 청장소속하에 임업연구원·임목육종연구소·임업연수원 및 산림항공본부를 두고, 소관 사무를 분장하기 위하여 청장 소속하에 북부·동부·남부·중부·서부 등 5개의 지방산림관리청을 두고 있다.