북한 천연기념물 제386호. 은행나무는 성균관 마당에 두 그루가 서 있다. 성균관 마당에는 북한 천연기념물 제387호인 느티나무가 있고 주변에는 썩은 느티나무와 은행나무들이 있다.
은행나무가 자라고 있는 토양은 화강암지대에 생긴 퇴적 모래흙이며 토심은 깊고 습기는 적당하다.
은행나무의 수령은 약 500년 정도로 추정하고 있다. 은행나무 두 그루 가운데서 서쪽에 있는 나무는 높이 31m, 뿌리목 둘레 6.45m, 가슴높이둘레 5.25m, 수관 지름 26m이다. 동쪽에 있는 나무는 높이 30m, 뿌리목 둘레 6m, 가슴높이둘레 5.25m, 수관 지름 20m이다.
나무는 모두 긴 둥근모양이다. 아랫부분의 큰 가지들은 1차 갱신가지들이므로 윗부분 큰 가지들보다 작으며 나무의 꼭대기 부분은 세력이 약하다. 잎은 일찍 단풍이 든다. 나무의 모양은 왕성해 보인다.
성균관은행나무는 성균관의 오랜 역사를 보여주는 풍치수종 이므로 적극 보호하고 있다.