1960년 12월 한국에 진출한 성바오로딸수도회는 1961년 3월 대중 매체를 통한 복음 선포를 목적으로 서울 충무로 2가에 서원(書院)을 개설하였다. 이어 수녀회는 보다 적극적인 출판문화 활동을 위하여 1961년 12월 한국에 진출한 성바오로수도회와 공동으로 1962년 3월에 성바오로출판사를 설립하였고, 1964년에는 제본소까지 갖추어 본격적인 출판 사업을 전개하였다.
한편 수녀회보다 1년 뒤에 한국에 진출한 성바오로수도회는 1962년 10월에 수도원을 신축함과 동시에 인쇄 시설을 갖추고 출판 사업을 시작하였다. 이들은 수녀회와 함께 성바오로출판사를 운영하였으며, 이 때 발행하는 책의 인쇄는 수도회에서, 제본은 수녀회에서 맡아하였다.
그러나 양 수도회에서 간행하는 책의 종류는 달랐으며, 판매도 독립된 서원을 통해 이루어졌다. 이 후 성바오로출판사는 1992년 10월부터 성바오로수도회가 기존으 ‘성바오로출판사’ 명칭을 그대로 사용하여 출판사를 운영하고 있으며, 출판사를 공동 설립했던 성바오로딸수도회는 분가하여 1994년 2월부터 ‘바오로딸’이라는 새로운 출판사를 설립, 운영하고 있다.
성바오로출판사는 1962년 『가정의 복음서』를 시작으로 전례·교리·신학·성서·영성·문학·청소년교육·아동교육 등 약 800여 종에 이르는 서적을 간행하여 교회 서적 출판에 많은 공헌을 하였다.