소독단(消毒團)은 1919년 밀정 소탕을 위해 대한민국임시정부 경무국의 외곽에 조직된 비밀단체이다. 중국 상하이 한인 사회에 들어오는 밀정의 감시와 색출, 제거의 임무를 수행하였다. 경무국장 김구(金九)의 직계 조직으로 단장 손두환(孫斗煥)과 20여 명의 청년으로 구성되었다.
대한민국임시정부가 위치한 중국 상하이의 프랑스 조계(租界)는 치외법권 지역으로 일제가 독립운동가를 단속하는 데 한계가 있었다. 이에 일제는 첩보기관을 통해 임시정부의 실태를 파악하고자 하였다. 따라서 상하이에는 많은 일제 밀정들이 암약하고 있었다.
이에 대한민국임시정부 경무국(警務局)은 외곽단체로 "사회의 부정자(不正者)를 소독"하는 것을 목적으로 하는 비밀조직을 만들었다. 여기서 '부정자'는 주로 밀정을 의미하였다. 소독단은 상하이 한인 사회에 들어오는 밀정의 감시와 색출 그리고 제거하는 업무를 수행하였다.
또한, 임시정부 비방, 출처 불명 자금 유통 등도 경계 · 감독하였는데 상하이 한인 사회에서 이런 행동을 하는 자들이 밀정으로 밝혀지는 경우가 종종 있었기 때문이다.
단장은 황해도 출신으로 경무국장 김구의 제자인 손두환이며, 약 20명의 단원들은 대부분 평안도 및 황해도 출신의 청년들로 단장과 단원 모두 경무국장 김구와 관련된 이들로 구성되었다. 소독단의 현황에 대해 일제는 "유시사에 돌연 분기한다."라고 파악하였다. 비밀조직으로 김구의 명령에 따라 움직인다는 사실을 의미한다.
하지만 상하이에서는 밀정 문제로 인해 심각한 폐해가 나타나기도 하였다. 밀정에는 두 가지 종류가 있었는데, 일제가 파견한 밀정도 있었지만, 독립운동 진영에서 만들어낸 밀정도 있었기 때문이다. 밀정 문제로 독립운동가들이 분열되고 서로를 믿지 못하는 상호 불신의 늪에 빠지기도 했던 것이다. 밀정은 상하이 독립운동 진영에 치유하기 힘든 깊은 상처와 트라우마(trauma)를 남기기도 하였다.