『태종실록』 권11에 의하면, 1406년(태종 6) 의정부(議政府)에서 선교(禪敎) 각종(各宗)의 사원을 정해 달라고 요청하여, 종별로 그 숫자를 정해 주었는데 다음이 그 문장이다. “조계종총지종(曹溪宗摠南宗)은 합하여 70사를 남기고, 천태소자법사종은 합하여 43사를 남기고, 화엄도문종은 합하여 43사를 남기고, 자은종은 36사를 남기고, 중도신인종은 합하여 30사를 남기고, 남산시흥종은 10사를 남긴다[曹溪宗摠持宗合留七十寺 天台疏字法事宗合留四十三寺 華嚴道門宗合留四十三寺 慈恩宗留三十六寺 中道神印宗合留三十寺 南山始興宗各留十寺)].” 이 문장에 나오는 종단 수가 12개라고 보고, 12개를 총칭하여 십이종이라 한다. 십이종은 조계종, 총지종, 천태종, 소자종, 법사종, 화엄종, 도문종, 자은종, 중도종 · 신인종, 남산종, 시흥종이다. 한편 원문의 ‘’천태소자법사종’을 천태소자종 · 천태법사종으로 보는 입장에서는 조선 초기의 종단 수가 11개, 즉 십일종이었다고 한다. 이 가운데, 조계종, 총지종, 천태종, 화엄종, 자은종, 신인종, 남산종은 조선 이전의 기록에도 등장하는 반면, 소자종, 법사종, 도문종, 중도종, 시흥종은 이전 기록에는 없다. 이 때문에 그 성격에 대한 추론을 거듭하고 있지만 정설은 없다. 천태종과 별도로 소자종과 법사종이 있었다고 주장한 학자는 허흥식인데, 소자종과 법사종에 대한 해석은 부족하다. 한편 도문종은 정토 신앙을 내세운 종단이어서 화엄종과 합하였다는 해석이 있다. 중도종에 대해서는 해동종( 분황종)의 후신이라는 견해, 유가종의 후신이라는 견해, 중관학( 삼론종)을 내세운 종단이라는 견해 등이 있다. 시흥종에 대해서는 천태종의 일파라는 견해, 열반종을 내세운 종단이라는 견해, 소승업이라는 견해 등이 있다. 의정부 특정 교학이나 조사(祖師)의 가르침을 계승하는 집단이 종단으로 성립하기 위해서는 조사 · 계보, 특정 의례 및 소속 사찰 등의 요건이 갖춰져야 한다. 조계종, 총지종, 천태종, 화엄종, 자은종, 신인종, 남산종의 성립 시기는 각기 다르다. 화엄종은 신라 때부터 종단의 성격을 지닌 반면, 자은종은 11세기 후반 소현에 의해 조직화되었다. 인예태후, 숙종, 대각국사 의천이 합심하여 창건한 천태종은 1197년 국청사의 창건과 1101년 천태종선의 실시로 처음 등장하게 된다. 여러 산문으로 분산되어 있던 선종을 구산문으로 모으기 시작한 것은 11세기 후반이고 12세기에 조계종으로 정립되었다. 그리고 『동문선』의 ‘소승업수좌관고(小乘業首座官誥)’ 같은 관고(官誥), 교서(敎書)를 통해 소승업, 율업, 지념업 등이 무신 집권기에 존재했다. 이 가운데 율업이 종남산 도선을 종조(宗祖)로 하는 남산종과 동일한 종파이고, 지념업이 지념(다라니, 총지)를 강조하는 총지종이라고 보고 있다. 신인종은 7세기 후반 명랑이 당의 침입을 막기 위해 문두루비법(文頭婁秘法)을 시행하였을 때부터 존재하였다는 견해도 있지만, 최근에는 고려 시대에 창립되었다고 보기도 한다. 이상의 12개의 종단은 곧이어 7개의 종단으로 통합되었다.