본관은 전주(全州). 자는 치행(致行). 친부는 이규정(李圭正)이며, 양부는 병조판서 이규철(李圭徹)이다.
무과에 급제한 뒤 1885년(고종 22) 우포도대장으로, 대원군의 환국에 즈음해 임오군란에 관련된 죄인을 처형하였다. 협판내무부사·상리국총판(商理局總辦)·친군전영감독(親軍前營監督)을 역임하고, 형조판서로 신기선(申箕善)사건을 다루었다.
1885년 군제개혁 때 총어사(摠禦使)가 되고, 연무공원판리사무(鍊武公院辦理事務)로서 운영담당 위원이 되는 등 1880년대 민씨 정권 아래에서 순조롭게 승진하였다. 박정양(朴定陽)·김홍집(金弘集) 등과 밖으로는 서로 도우며 힘을 합했으나 속으로는 사이가 좋지 않았다. 한규설(韓圭卨)과는 친하게 지냈다.
1897년 중추원의관과 궁내부특진관을 역임하였고, 심순택(沈舜澤) 정부에서 육군부장(副將)으로 군부대신을 지냈다. 고종이 즉위한 후 시종원총관(侍從院摠管)·호위청총관(扈衛廳摠管)·경무사(警務使)·한성부판윤 등 주로 시위와 치안을 담당하였다. 1897년 박정양 정부에서 의정부찬정(贊政)으로 종로에서 열리는 만민공동회를 해산시키려다 도리어 만민공동회에 참석, 헌의6조(獻議六條)에 찬성하게 되었다.
이 일이 문제가 되어 11월 4일 독립협회가 해산된 후 해임되었다. 그러나 중추원관제를 개정하고 독립협회가 다시 설립되는 것을 막을 계책으로 협회에 호의적이었다는 게 밝혀져 중추원의장에 임명되었다. 그 뒤 의관들의 정부대신 선출투표를 막지 못했다는 이유 때문에 견책, 궁내부특진관이 되었다.
만민공동회가 보부상들과 충돌하자 회의 해산을 종용하였지만, 시민들이 이종건이 전에 군부대신서기일 때 보부상들의 만민공동회 습격을 방치하고, 순검과 병사들이 그것을 돕도록 하였다고 비난하고 집까지 습격하였다.
1900년 법규교정소(法規校正所) 의정관(議定官)이 되어 황제의 전제권을 명시한 「대한국국제(大韓國國制)」 제정에 참여하였다. 뒤에 농상공부대신·군무국총장·강원도와 평안남도관찰사·군부대신을 지냈다. 1910년 「조선귀족령」으로 남작의 작위를 받았다.