1986년 천연기념물로 지정되었다. 제주마는 흔히 제주도 조랑말이라고 하는데 이 제주마의 유래에 관해서는 여러 가지 설이 있다. 제주대학교 농과대학부설 축산문제연구소의 「제주마 혈통정립 및 보존에 관한 연구」에 따르면 석기시대부터 제주도에서 재래마가 사육되었다고 한다.
기록상으로는 1073년(문종 27)과 1258년(고종 45) 탐라에서 고려에 말을 예물로 바친 사실이 있다. 1273년(원종 14) 원나라가 탐라를 침공한 뒤 약 100년간은 수십만 두의 몽고말이 이곳에 유입되었다.
현재의 제주마는 고유의 재래마가 보존되어 온 것이라고 볼 수는 없고, 원나라의 목장 설립시 들어온 몽고마와 그 뒤 품종개량을 위하여 도입된 북방계 우량마에 의하여 잡종화된 중형마로서 우리 기후에 오랫동안 적응된 말로 보는 것이 타당하다.
5세 이상의 제주마 성마(成馬)의 평균 체고는 암컷이 117㎝, 수컷이 115.3㎝로서 교잡마나 개량마보다 뚜렷하게 작고, 혈청유전학적으로도 다른 것들과 차이가 있다. 제주마의 털색은 밤색·적갈색·회색·흑색·담황색·얼룩색 등이 있는데, 밤색 개체가 가장 많고 다음이 적갈색이다.
또한, 제주마는 앞이 낮고 뒤가 높은 저방형마(低方型馬)이고 중간 체구에 체장이 크며, 흉위율(胸圍率)이나 관위율(管圍率)이 커서 수레를 끄는 데 알맞은 대표적인 체형인 동시에 체폭이 좁고 지장율(肢長率)이 커서 경종(輕種) 체형을 많이 배합한 독특한 체형이다.
제주마는 농경문화에 크게 기여한 역축(役畜)으로서 한때 사육두수가 2만여 두에 달하였으나, 시대의 변천에 따라 1985년에는 1,000여 두로 감소하였다. 따라서 그 보존책을 강구하지 않을 수 없게 되어 1986년부터 천연기념물로 지정, 보호하고 있다.