우리 나라의 역대헌법은 정부의 최고의사결정기관으로서 국무회의 또는 국무원을 규정하고 있었으므로, 국무회의는 그 헌법적인 근거를 계속하여 갖고 있었다. 그러나 각 국무위원을 직접 보좌하는 차관의 회의체에 관하여는 명문의 규정이 없었다.
그러나 국무회의의 회의를 효율적으로 진행하기 위하여는 각 부처의 차관간의 사전조정이 필요하여, 1960년 내각책임제의 실시에 따라 각 부처간의 협조가 더욱 절실히 요구되자, 같은 해 9월 각령 제74호로 「사무차관회의규정」을, 10월에는 각령 제81호로 「정무차관회의규정」을 제정하였는데, 5·16군사정변으로 각 부에 차관을 1인만 두게 되어, 1961년 8월 각령 제111호로 「차관회의규정」을 제정하여 현재에 이르고 있다.
국무조정실장과 각 부의 차관으로 구성하되 의장은 국무조정실장이 된다. 차관회의에는 의장이 필요하다고 인정하는 공무원이 배석하며, 중앙행정기관의 장인 청의 장은 소관 사무에 관하여 차관회의에 출석·발언할 수 있으며, 법제처차장은 법령안 및 조약안이 상정하는 차관회의에 배석하며, 간사는 행정자치부 의사과장이 된다.
구성원 과반수의 출석과 출석원 과반수의 찬성으로 의결하도록 되어 있으나 현실적으로는 만장일치제에 유사하게 운영되고 있으며, 회의는 주 1회의 정례회의와 임시회의로 구분되는데, 정례회의는 매주 목요일에 소집하는 것이 관례이다.
차관회의는 국무회의와 달리 그 근거가 헌법에 있는 것이 아니라 대통령령을 근거로 한다는 점에서 행정부가 그 편의에 따라 임의적으로 구성한 회의체라할 수 있으며, 사실상 긴급한 안건 등 특수한 경우에는 차관회의를 거치지 않고 국무회의에 회부하는 경우도 있다.
그러나 차관회의는 그 구성원이 국무회의 구성원보다 전문적인 인사가 많다는 점에서, 차관회의를 운영한다는 것은 전문적인 의견을 반영하고 부처간의 협조를 원활히 한다는 점에서 국정운영에 매우 중요한 기능을 지니고 있다고 할 수 있다.