1901년에 현유(賢儒)의 위패를 봉안, 배향하고 지방민의 교육과 교화를 위하여 창건되었다. 자세한 기록은 전하지 않으며, 현재까지 4차례에 걸쳐 중수되었다.
경내의 건물로는 6칸의 대성전, 각 4칸의 동무(東廡)와 서무(西廡), 7칸의 명륜당, 각 6칸의 동재(東齋)와 서재(西齋), 6칸의 풍화루(風化樓), 고직사(庫直舍), 내삼문(內三門) 등이 있다. 대성전에는 5성(五聖), 송조4현(宋朝四賢), 우리 나라 18현(十八賢)의 위패가 봉안되어 있다.
조선시대에 항교는 국가로부터 토지와 전적 · 노비 등을 지급받아 교관 1명이 정원 30명의 교생을 가르쳤으나, 갑오개혁 이후 신학제 실시에 따라 향교의 교육적 기능은 없어지고 봄 · 가을에 석전(釋奠)을 봉행(奉行)하며 초하루 · 보름에 분향을 하고 있다.
통영향교는 1983년 경상남도 유형문화재(현, 유형문화유산)로 지정되었으며, 전교(典校) 1명과 장의(掌議) 수명이 운영을 담당하고 있다.