훈위(勳位)·훈등(勳等)·연금·훈장·포장·외국훈장 등에 관한 업무를 관장하였다. 1894년(고종 31)에 충훈부(忠勳府)를 기공국(紀功局)으로 고쳐 의정부에 예속시켰으나, 1900년에 표훈원을 설치하여 독립시켰다.
그 뒤 1905년에 표훈사(表勳司)로 고쳐 의정부에 예속시켰다가 그해 다시 표훈원으로 복원되었다. 1900년에 설치된 표훈원에는 표훈국과 제장국(制章局)을 두었다. 표훈국에서는 훈위·훈등·연금·훈장·기장·포장 및 기타 상여에 관한 사항과 외국훈장·기장의 수령 및 패용(佩用) 등에 관한 업무를 관장하였다.
관원으로는 총재 및 부총재 각 1인, 의정관(議政官) 15인 이내, 참서관(參書官) 1인, 주사(主事) 2인 등으로 구성되어 있었다. 또한, 제장국은 훈장을 제조하는 일을 담당하였던바, 국장 1인, 기사 3인, 기수 5인으로 구성되어 있었다.
그러나 1905년 2월 26일 표훈국과 제장국은 모두 폐지되고 행정적인 직제로 개정되었다. 총재 1인, 참서관 1인, 기사 3인, 주사 4인 이하로 임용하여 운영되었으나 1910년에 폐지되었다.