이 단체는 만주사변이 일어나자 하와이·오아후·와히아와 지방에 거주하는 임성우·김경옥·김예준·김성옥·현도명·김태정·김형기·김기순 등의 발기로 비밀리 설립하였다.
1931년 9월부터 김구의 특무공작을 후원할 목적으로 조직하여 동년 11월 15일 거사자금으로 1,000달러를 지원하였다. 그 결과 1932년 1월 이봉창의거의 일왕폭탄투척사건과 동년 4월 홍구공원에서의 윤봉길의거를 성공적으로 이끄는 성과를 거두었다.
이 두 사건을 계기로 하와이 애국단의 존재가 하와이 내에 알려지게 되자 동년 2월 14일 마침내 정식 발족하여 임시정부의 후원단체로 적극 활동하였다. 초기 단장 임성우는 본단의 조직과 활동을 주도적으로 이끌었다.
1934년 4월에 조병요·안창호·이대진·최찬영·우진석·이봉수·김예윤·박이조·임영택·안영호·양성학·김현구·김원용 등이 참가하여 단의 사업을 확장하였다. 단원 선정을 매우 조심스럽게 선발함으로써 단원의 수가 45명에 불과하였다.
김구가 광복전선 통일운동을 위해 한인애국단을 해소하고 한국독립당을 결성하자 이 단체는 1940년 5월 9일 그 이름을 변경하여 한국독립당 하와이지부를 설립하였다.