식물분류에 관한 연구를 조성하고 그 지식을 보급할 목적으로 1969년에 창립되었다. 한국식물학회의 회원 중 식물분류에 보다 깊은 관심을 가지고 있던 회원들이 매달 월례회를 가지고 식물분류에 대한 의견교환과 발표회, 야외채집회 등을 개최하여 오던 중, 1969년 7월 월례회에서 한국식물분류학회를 창립하기로 의견을 모았다.
월례회에 열심히 참석하던 몇 사람이 서둘러 회장단을 구성하고 식물학회 회원들로부터 입회원서를 받아 처리하기로 하였다.
초대 회장에는 박만규(朴萬奎)가 선임되고, 부회장에 이영로(李永魯), 간사로서 이우철(李愚喆)·오용자(吳○子)·이은복(李銀馥) 등이 위촉되어 학회의 출발사무를 담당하며 창간호의 편집을 8월 20일경에 하기로 정하였다.
2대 회장에 이덕봉(李德鳳), 3대 양인석(楊麟錫), 그리고 4대에 이창복(李昌福)을 거쳐 성신여자대학교의 오용자가 현재의 회장직을 맡고 있다. 학회지는 1998년 현재 통권 제74호(28권 제4호)가 발간되었다.
식물상 전반에 걸쳐 조사와 발표를 해오던 분류학 분야에 있어서 1개의 과나 속에 대하여 연구하는 학도들이 점차 증가하여 왔다. 따라서, ≪한국식물분류학회지≫가 출판되면서 식물의 과(科)에 대한 연구와 속(屬)에 관한 논문이 대부분을 차지하게 되었다.
근래에는 식물들의 분류학적 모임인 분류군(分類群)간의 유연관계(類緣關係)를 밝히고 이에 따라 분류체계를 수립하는 면을 강조하는 실험적인 분석, 종(種)의 분화(分化)나 다양성, 진화의 메카니즘 등을 중점적으로 다루는 생분류학(生分類學)적인 연구결과가 많이 실리고 있다.
새로 개정된 회칙은 총 14조로 되어 있으며 정회원·명예회원(고문)·단체회원 및 준회원 등 345명으로 구성되어 있다.
이 회의 목적달성을 위하여 연 4회의 회지발간, 학술문헌의 간행, 학술강연회, 월례회 및 봄·가을에 걸쳐 채집회를 갖도록 규정하고 있다.