전신은 1890년(고종 27)에 설립된 양촌성당(충청남도 예산군 고덕면 상궁리)인데, 초대본당주임 퀴를리에(Curlier, J. J. L.)신부가 1899년 현 위치에 120평의 대지를 매입, 한옥성당을 건축하고 이전하여 합덕성당으로 그 명칭을 바꾸었다.
그 뒤 7대주임 페랭(Perrin, P., 白文弼)신부가 1929년 현재 건물인 벽돌조의 고딕성당을 신축하였는데, 1960년 신 합덕성당이 분할되어 독립함으로써 명칭이 합덕성당에서 구 합덕성당으로 변경되어 오늘에 이르고 있다.
합덕지방은 일찍부터 천주교의 사적지로 알려졌으며, 1866년 병인박해 때 다블뤼(Daveluy, M. A. N.)주교를 비롯한 여러 선교사들이 체포되기 전 피신하였던 곳이 현 구합덕성당의 신리공소(新里公所)로, 당시의 유물들이 보존되어 있다.