1998년 2월까지는 행정소송법 등에 의하여 행정청의 행정처분 등에 불복하는 행정소송은 원칙적으로 행정심판법에 의한 행정심판을 거친 뒤에 제기할 수 있도록 하는 소위 행정심판전치주의를 채택하고 있었고, 이에 불복하는 소의 관할을 고등법원으로 하였다.
즉 행정심판과정 자체를 법원의 제1심으로 보고 이에 불복하는 소는 바로 고등법원의 관할로 한 것이다. 그러나 행정청의 처분에 불복하는 자 등에게 행정심판을 거친 뒤에야 행정소송을 제기할 수 있도록 한 것이 국민의 권익을 침해할 수 있다는 주장에 따라 다른 법률에 특별한 규정이 없는 한 1998년 3월부터 행정심판을 거치지 않고도 행정소송을 제기할 수 있도록 하였다.
이에 따라 행정심판을 거친 지의 여부에 관계없이 행정소송은 원칙적으로 제1심을 지방법원급의 행정법원의 관할로 하였으며, 이에 따라 1998년 3월 설치된 법원이 바로 행정법원이다.
그러나 지금은 서울행정법원만 설치되어 있고 서울행정법원의 관할구역이 아닌 지역에서의 행정법원의 권한에 속하는 사건은 행정법원이 설치될 때까지 해당지방법원 본원이 관할하도록 하고 있다.
2004년 1월 20일 「각급 법원의 설치와 관할구역에 관한 법률」이 일부 개정됨으로써 현재 서울행정법원의 관할구역은 서울특별시에 국한되고, 과거 서울행정법원이 관할했던 여타 지역(경기도의 의정부시, 동두천시, 구리시, 남양주시, 고양시, 양주시, 파주시, 연천군, 포천시, 가평군 및 강원도의 철원)은 각 지방법원본원이 담당하고 있다.
서울행정법원에는 법원장 1인·부장판사 10인·판사 31인 등 42인의 법관 외에 사무국(총무과·행정과·법원보안관리대)을 두고 있다.