1850년 서울에서 출생했다.
1884년 3월 문과에 급제한 뒤, 1887년 홍문관 부교리·사간원 헌납, 1888년 홍문관 수찬, 1889년 사헌부 장령, 1890년 사헌부 집의·사간원 사간, 1891년 홍문관 응교, 1892년 성균관 사성, 1893년 사헌부 지평·형조 참의, 1894년 동부승지를 지냈다. 갑오개혁 이후 법무아문 참의를 지낸 뒤, 1895년 4월 법무아문 참서관 겸 고등재판소 판사에 임명되었다. 1896년 3월 제정된 「재판소 구성법」에 따라 같은 해 5월 고등재판소 예비 판사, 9월 한성재판소 판사를 지냈다. 이어 1897년부터 1899년까지 중추원 의관과 부의장을 지냈으며, 1899년 봉상사 부제조, 1902년 4월 비서원승을 거쳐 7월 평리원 검사에 임명되었다. 이후 비서원승, 태복사장(太僕司長), 예식원 장례(掌禮), 전선사장(典膳司長), 봉상사 부제조 등을 지냈고, 1907년 9월 평리원 재판장에 올랐다.
평리원 재판장으로 1년여 동안 재직하면서 경기도 지역에서 활동하다 체포된 의병들에 대한 28건의 재판을 담당해, 39명에게 내란죄를 적용해 사형을 비롯한 중형을 선고했다. 평리원은 의병운동을 대한제국에 대한 저항으로 간주하여 참가자에게 내란죄를 적용했다. 또한 1908년 7월 대심원 검사를 거쳐 1909년 11월부터 1910년 10월까지 통감부 고등법원 검사로 재직하는 동안에도 15건의 의병 재판에 참여했다.
1907년부터 1910년까지 평리원 재판장, 대심원 및 통감부 고등법원 검사로 재직하면서 모두 43건의 의병 재판을 담당하였고, 이 재판들로 김공삼·김영백·김영준·김현국·박도경·오상원·유지명·이교영·이원오·정용대 등의 의병장을 비롯, 많은 의병들이 희생되었다. 이 의병들은 대부분 일제의 국권침탈에 저항한 공로를 인정받아 대한민국 정부에 의해 독립유공자로 추서되었다. 한일강제병합 후, 1910년 10월 일제에 협력한 공을 인정받아 조선 총독의 자문기구인 중추원의 찬의에 임명되어 사망할 때까지 재임했다. 1912년 8월 한국병합기념장, 1915년 11월 다이쇼 천황 즉위 기념 대례기념장을 받았다. 1919년 10월 22일 사망했다.
홍종억의 이상과 같은 활동은 「일제강점하 반민족행위 진상규명에 관한 특별법」 제2조 제9·15·19호에 해당하는 친일반민족행위로 규정되어 『친일반민족행위진상규명 보고서』 Ⅳ-19: 친일반민족행위자 결정이유서(pp.750∼778)에 관련 행적이 상세하게 채록되었다.