서울동천학교는 1951년 8월 충현영아원으로 시작되었다. 1957년 사회복지법인 충현재단이 설립되었고, 1979년 충현복지학교로 설립인가 되었다. 1980년 3월 6일 충현복지학교로 첫 신입생 입학식을 치루었으며, 5월 21일 개교식이 거행되었다.
1985년 중학교 과정이 설치인가 되었고, 1987년 고등학교 과정, 1988년 유치부 과정, 2006년 전공과 과정이 설치인가 되어 유치부부터 전공 과정까지의 전 과정이 설치되었다.
교명은 1980년 충현복지학교를 시작으로, 1987년 서울충현학교로, 1999년부터 현재의 서울동천학교로 변경되었다.
다양한 교육 및 학습 방법을 도입하여, 2∼4학급을 하나로 통합한 열린 형태의 교실에서 3∼6명의 교사가 협동 교육과정을 운영하고 있다.
정신지체 학생들의 심신 일탈을 극복시키고 사회에 동참하는 자활인으로 육성하는 것을 교육목표로, 오감을 통해 직접 체험하는 교육활동에 중점을 두고 있다. 또한 중고등학생을 대상으로 직업교육활동을 실시하여 직업인으로서 성장할 수 있도록 돕고 있다.
그 외에도 학생들이 개성과 소질을 발견하고, 이를 신장시켜 장애를 극복하려는 의지를 가질 수 있도록 도와주는 특별활동과 자기 주도 능력 및 창의성 신장을 위한 다양한 재량활동, 가정이나 학교에서 배운 내용을 현장에서 직접 경험하여 사회생활의 적응력을 높이고자 주변지역 현장학습 등의 교육 프로그램을 운영하고 있다.