광주은혜학교는 1982년에 광주시 임동에 있는 임동성당에서 씨튼조기교육센터로 개원되어, 그 다음해인 1983년 11월에 지체장애 아동을 위한 초등부 12학급을 인가 받았다. 이후 은혜학교는 1984년 3월에 1학년 2학급(25명) 입학생을 대상으로 개교되었으며 안재인 초대 교장이 취임하였다.
1985년에는 광주시 임동에서 광주광역시 북구 오룡동 산8번지 새 교사로 이전되었고 1988에는 새로운 교사 2층이 증축 준공되었다. 이후 1993에 교사 3동 증축, 1997년에 강당과 수영장 준공, 2008년에 교사 4동, 5동이 증축·준공되어 활용되고 있다.
1983년에 초등부가 인가된 이후 1984년에는 유치부, 1986년에는 중학부, 1989년에는 고등부가 인가되어 전 학년이 재학할 수 있게 되었고, 2011년 2월에는 초,중학교 22회 그리고 고등학교 19회째의 졸업생을 배출하였다.
은혜학교는 2011년 12월 당시 초등학교 16학급에 81명, 중학교 10학급에 55명 그리고 고등학교 11학급에 58명으로 총 37학급 194명이 있었다. 교장을 포함한 교원 63명과 일반직원과 회계직원 그리고 용역 및 공익근무요원 등 60명의 직원을 합해 모두 123명의 교직원이 있다.
은혜학교는 ‘밝게 크자, 사랑하자’는 교훈으로 어떠한 상황에서도 장애에 굴하지 않고 하느님께 받은 귀중한 자신을 존중하고 희망을 잃지 않으며, 21세기의 물결 속에서 현재 자신이 지닌 능력을 최대화하며 자아를 실현시켜 나가는 사람이 되도록 하는데 학교교육의 역점을 두고 있다.
특히 각 학생의 장애 정도와 학습 수준에 맞는 수준별 개별화 수업은 물론 잘 갖추어진 수영장·치료교육실 등 학교시설을 활용하여 장애 특성에 적합한 치료교육의 활성화, 현장학습과 극기훈련, 도심적응 훈련, 탐사활동, 야영, 원예활동 등 다양한 생활적응 활동과 체험학습을 통해 아름다운 품성을 기르고 자활의 능력을 기르는 데 노력하고 있다. 이를 위해 지체장애 특수학교 교육과정 전 영역에서 전환교육 프로그램을 운영하고, 리듬합주, 컴퓨터, 제과제빵 등 특별활동과 직업교육을 활성화하여 잠재능력과 소질을 계발하는 데 역점을 두고 있다. 본교 졸업생들을 중심으로 운영되는 ‘씨튼장애인직업재활센터’는 뒤이어 개설된 ‘은혜자립생활교육지원센터’와 함께 자립적인 삶을 설계하고 실천하는 데 크게 기여하고 있다.
이 학교의 특색사업은 조화로운 몸과 마음 가꾸기로 신체변형 예방 및 개선활동과 심리 안정 치료 활동을 중심으로 하는 프로그램과 선택 재활 활동으로 특성별 재활활동을 중심으로 이루어지고 있다.
은혜학교는 학생복지를 매우 중요시하며 이에 따른 사업의 하나로 은혜 장학금(교직원이 기부하는 학교 발전기금)과 외부의 장학금제도를 운영하고 있다. 장학금은 본교 재학생 중 가정 사정 등 여러 가지 상황 및 여건을 고려하여 지원하는데, 수술이나 치료, 재활기구가 필요한 학생, 극빈가정으로 학교생활 중 수학여행이나 학업에 어려움을 겪는 학생이 그 대상이 된다. 특히 수술, 고액의 치료나 재활을 위한 기구제작 및 구입, 재활치료에 있어서는 수급 가정(기초수급, 차상위수급)과 결손 가정의 학생을 우선으로 선정하고 저소득 가정, 수술비의 정도, 수술 횟수나 연령 등을 고려하여 지원하며, 외부지원 장학금은 수술이나 치료가 절실히 필요하나 경제적인 어려움으로 재활의 기회를 잃거나 늦춰지는 학생들을 지원하기 위해 활용하고 있다.
한편 문화예술도시의 특수학교라는 지역적 특수성을 고려하여 문화예술교육을 중요시하고 있다. 본교의 문화예술교육취지는 지체장애 학생들에게 다양한 문화체험 활동 및 행사를 통하여 우리 고장의 특색인 문화예술 교육과 사회 적응 능력을 신장시키고 나아가 고장에 대한 긍지와 자부심을 갖도록 한다는 취지하에 이루어지고 있다. 특히 광주광역시에서 활동하는 문화예술 단체 및 문화예술인을 초청함으로써 문화 체험의 기회를 확대하고 전통 놀이와 민속놀이를 직접 체험함으로써 민속 문화에 대한 이해와 경험의 폭을 넓히며 예술 강사를 활용한 국악 수업과 교과 교육 시 다양한 예술작품 감상 및 문화 체험의 기회를 제공함으로써, 문화예술 교육을 통하여 정서를 함양할 수 있도록 하는 데 역점을 두고 있다.