가계와 출신지는 자세히 알 수 없다. 1259년(고종 46) 제주부사(濟州副使)에 임명되었다. 당시 제주에는 15세 이상의 남자는 해마다 콩 1섬씩을 바치고 관아의 아전들 수백 명은 각기 말 1필씩을 바쳐 부사(副使)와 판관(判官)들이 나누어 가지는 풍습이 있었다. 이러한 풍습을 통해 제주에 파견된 부사나 판관은 재물을 모아 모두 부자가 되었다. 김지석은 제주부사로 부임하던 날 콩과 말을 바치던 풍습을 금지하고, 청렴한 향리(鄕吏) 10명을 관아의 아전으로 선발하였다. 이에 따라 행정이 깨끗하게 되고, 아전들과 백성들이 자발적으로 복종하였다고 한다.
김지석은 고려 무신정권기 대표적인 청백리였으며, 『고려사(高麗史)』 양리(良吏) 열전에 입전되어 있다.