1904년(1902년 주장도 있음) 4월 함경북도 성진에서 캐나다 장로교 선교사 로버트 그리어슨(Robert Gherson, 구례선, 具禮善)이 선교회의 경영으로 설립한 4년제 사립학교이다.
설립자 그리어슨(Robert Gherson, 具禮善)은 캐나다 선교회의 선교사로서 성진지역에서 제동 병원을 설립 운영하면서, 남녀학교를 설립하여 성진지역의 교육사업 전개에 적극적이었다.
1912년 2월 캐나다 선교사 로스(A. R. Ross, 魯亞力)가 남녀학교를 구별하여 6년제 남자학교로 보신남학교로 설립인가를 받았다. 인가 당시에 학생은 37명 정도였고, 국어, 한문, 역사, 지리, 이과, 산술, 도화, 창가 등의 교과목을 가르쳤다. 초등 정도의 교육을 실시하였으나, 4년제 중등 정도의 고등과가 동시에 운영되었다.
보신남학교는 1924년 2층 신교사를 신축하고, 1925년부터 고등과를 폐지하고 보통학교로 승격하고자 하였다. 그러나 이 과정에서 1929년 학교측에서 조선인 교원에게 사직권고문을 보내자 조선인 교원들이 반발하였고, 1930년 여름에는 교장이 조선인 교원 및 아동을 구타하는 일이 일어났다. 이 일로 성진 지역의 기독교 및 청년단체, 동문회 등이 중재에 나서 구례선 교장이물러나게 되었다.
이후 욱정교회의 지원을 받으며, 1930년 11월 김원배(金元培)를 설립자로, 강형철(姜亨哲)을 교장으로 추대하였다. 보통학교로의 승격을 재추진하여 1937년 7월에 사립 보신보통학교로 인가받았다.
성진지역의 3.1운동 전개에 보신학교 학생 45명이 참여하는 등 교사와 학생 및 동문들이 주도적 역할을 하였고, 함경도 지역에서 기독교계 민족주의 진영이 중심적인 위치를 차지하는데 보신학교의 영향이 컸다.