6·25전쟁 직후 한국 교회의 갱신과 한국 사회의 재건을 위해 소수의 젊은 평신도들이 주체가 되어 설립한 교회이다.
모든 구성원이 교회의 주인이 되어 함께 생활하며 능동적으로 선교하는 초교파 평신도 교회를 조직하기 위해 설립되었다.
1953년 지금의 교회가 위치한 곳에서 안병무를 비롯한 12명의 소장파 개신교인들이 한국 교회의 개혁과 한국 사회의 위기 극복을 과제로 삼고 창립하였다. 처음에는 특정 교파에 속하지 않고 목회자도 두지 않는 평신도 중심의 초교파 독립교회의 형태를 취했다. 그러나 시간이 흐르면서 교인이 점차 증가하고 창립자 중 몇 사람이 외국 유학을 떠나자 교회의 성격에 변화가 나타나기 시작하였다. 결국 1959년 기성 교단의 하나인 한국기독교장로회에 가입하였고, 1974년에 김호식 목사를 1대 목회자로 청빙하면서 일반교회 체제로 전환하였다.
1980년대에 들어 교회의 창립정신을 회복하자는 흐름이 등장하면서 교인들 사이에 분열의 조짐이 나타났다. 그리고 1987년 홍근수 목사가 2대 목회자로 부임하면서 일부 교인들이 교회를 떠났고, 그들이 김호식 목사를 청빙하여 ‘예닮교회’를 세웠다.
1993년 교회 창립 40주년을 기념하여 강남향린교회를 분가시켰고, 2003년 조헌정 목사가 3대 담임목사로 부임하였다.
예배에 국악 찬송을 도입하고 성찬식에서 떡을 사용하는 등 민족문화와 교회의 접맥을 시도하는 한편, 목사와 장로의 임기를 규정한 정관의 채택을 통하여 교회의 민주화를 시도하고 있다. 또한 외국인 노동자를 위한 의료활동 및 분단 극복을 위한 통일운동 등을 통하여 한국 교회와 한국 사회의 발전에 중요한 기여를 하고 있다.
담임목사 1인, 부목사 2인, 교육부 전도사 4인이 교역자로 활동하고 있으며, 일요일 오전 11시에 정기예배를 드리고 있다.
교회 설립 초기부터 한국 교회의 개혁과 한국 사회의 민주화에 커다란 기여를 한 교회로 평가받고 있다.