한자를 빌려서 한국어를 표기하는 것을 ‘차자 표기(借字表記)’라 하고, 차자 표기에 사용된 한자를 ‘차자(借字)’라 한다. 훈민정음이 만들어진 15세기 중엽 이전의 한국어 표기는 전적으로 차자 표기에 의존하였고, 훈민정음 창제 이후에도 문서를 작성하거나 한문 문헌에 구결을 달 때 차자 표기가 널리 이용되었다.
한국어를 표기하기 위해 한자를 빌려 오는 과정에는 크게 두 가지의 원리가 작용하였다. 하나는 한자의 음(音)을 빌릴 것인지 아니면 훈(訓)을 빌릴 것인지에 관한 ‘음훈(音訓)’의 원리이고, 다른 하나는 한자의 본뜻을 살려 쓸 것[讀]인지 아니면 본뜻과 무관하게 쓸 것[假]인지에 관한 ‘독가(讀假)’의 원리이다. 이 두 가지의 원리를 조합하면 음독(音讀), 음가(音假), 훈독(訓讀), 훈가(訓假)의 네 가지 유형이 나오게 된다. 훈독자는 이 중 세 번째 유형인 ‘훈독(訓讀)’의 원리에 의해 사용된 차자를 가리킨다. 즉, 한자의 훈을 빌리면서 그 한자의 본뜻을 살려 쓴 차자가 ‘훈독자(訓讀字)’인 것이다.
훈독자는 한자의 훈을 빌리면서 그 한자의 본뜻을 살려 쓴 글자를 가리킨다. 여기서 ‘한자의 훈을 빌린다’는 것은 적어 놓은 한자를 음으로 읽지 않고 훈(=새김)으로 읽는 것을 말한다. 예를 들어 “봄이 오다”라는 문장을 차자 표기로 기록하면 “春是 來多”라고 적을 수 있다. 여기서 ‘春’과 ‘來’는 각각 그 글자의 훈에 해당하는 명사 ‘봄’과 동사 어간 ‘오-’를 적은 것이고, 이것을 읽을 때에도 [봄]과 [오]라고 읽는다. 따라서 여기에 쓰인 ‘春’과 ‘來’는 문장 안에서 그 글자의 본뜻을 유지하면서 문장을 읽을 때 음이 아닌 훈으로 읽는 글자이므로 훈독자로 파악되는 것이다.
한자어나 한문 문장을 읽을 때에는 기본적으로 그 안에 있는 한자를 모두 음으로 읽는다. 그러나 차자 표기에서는 한자를 음으로 읽기도 하고 훈으로 읽기도 하므로 읽는 이가 혼란스러울 수 있다. 그래서 훈으로 읽는 글자의 경우에는 훈의 끝소리를 같이 적어 주기도 하였다. 예를 들어 ‘夜音’이라는 표기는 ‘夜’자의 음인 [야]로 읽지 않고 훈인 [밤]으로 읽는다는 것을 분명히 하기 위해 [밤]의 끝소리 [ㅁ]을 표시하는 ‘音’자를 ‘夜’자에 덧붙인 것이다. 이러한 표기 방식을 말음첨기(末音添記) 또는 받쳐적기라고 한다.
차자 표기의 용자법을 처음으로 체계화한 양주동( 『고가연구(古歌硏究)』)은 한자의 본뜻을 살려 표기하는 ‘의자(義字)’의 하위 부류로 ‘훈독(訓讀)’을 설정하였다. 그리고 남풍현(『차자표기법연구(借字表記法硏究)』)은 양주동의 체계를 기본적으로 받아들이되 ‘의자(義字)’란 용어를 ‘독자(讀字)’로 바꾸고 그 하위 부류로 ‘훈독자(訓讀字)’를 설정하였다. 이러한 훈독자의 설정은 차자 표기의 원리를 이해하는 중요한 길잡이로 평가되고 있다.