고려시대에 왕실을 중심으로 법화신앙(法華信仰)이 유행하였을 때 법화결사(法華結社)가 조직된 대표적 사찰이다.
절의 창건주와 연혁은 전하지 않는다. 고려 때 개성의 낙타교(駱駝橋, 만부교)의 동쪽에 있었다고 한다. 폐사된 시기도 전하지 않는다.
고려시대에 왕실의 후원으로 법화신앙이 크게 유행했을 때 개경에서는 보암사(寶巖寺)와 함께 연화원(蓮花院)이 법화결사를 조직한 대표적인 사찰이었다. 사찰 주변에 사는 청신사(淸信士)들이 결사를 조직하여 엿새마다(3, 14, 15, 23, 29, 30일) 모여서 『법화경(法華經)』을 돌아가며 읽으면서 공부하였다. 절에서 법화결사가 조직된 것은 경전의 뜻이 미묘하여 공부할수록 불법(佛法)을 깊이 깨달을 수 있기 때문이었다고 한다. 보암사의 결사에는 주로 60세가 넘은 퇴직 관료들이 모였지만, 연화원에서는 나이의 제한을 두지 않았다. 절 주변의 주민들이 모여서 경전을 읽고 극락왕생을 염불하였는데, 이러한 법화결사는 개경의 묘련사(妙蓮社)와 수원의 만의사(萬義寺) 등에서도 조직되었다.
고려 말 결사를 통한 법화신앙의 유행을 잘 보여주는 사찰이다.