고려 태조가 개경의 성내에 건립한 사찰로 도성 북부의 자운방에 있었다. 이후 국왕이 행차하고, 백관의 회의가 열리는 등 고려 전 시기에 걸쳐서 존속한 사찰이었다. 조선시대에 들어오면 절의 연혁이 전하지 않는데, 고려의 멸망과 함께 폐사된 것으로 추정된다.
자운사(慈雲寺)는 고려를 건국한 태조 왕건(王建)이 919년(태조 2) 개경에 도읍을 정하고 도성내에 건립한 10대 사찰 중 하나이다. 10대 사찰에는 자운사를 포함해 법왕사(法王寺), 왕륜사(王輪寺), 내제석원(內帝釋院), 사나사(舍那寺), 천선원(天禪院), 신흥사(新興寺), 문수사(文殊寺), 원통사(圓通社), 지장사(地藏寺)가 있다. 1322년(충숙왕 9)에는 권한공(權漢功)과 채홍철(蔡洪哲) 등이 이 사찰에 모여서 심왕(瀋王) 왕고(王暠)를 옹립하기 위한 회의를 열기도 하였다.
고려 태조가 건립한 개경 10대 사찰 중 하나로 불교사적 측면 외에 정치사적으로도 의미가 크다.