절의 창건주와 창건 시기는 전하지 않는다. 고려 후기인 1360년(공민왕 9) 왜구의 강화도 노략질로 선원사(仙源寺) 등과 함께 큰 피해를 보았는데, 1362년(공민왕 11)에 정당문학(政堂文學) 한방신(韓方信)이 왕명을 받고 절을 중수했다. 조선 전기 때는 이미 폐사된 것으로 보인다.
『고려사(高麗史)』에는 "고종 38년(1251) 9월 왕이 도성 서문 밖에 있는 대장경판당(大藏經版堂)에 행차하여 백관을 거느리고 분향했다"는 내용이 있는데, 이 기록에 근거해 고종이 용장사(龍藏寺)에 행차하였고, 아울러 고려대장경을 수장한 대장경판당이 이 사찰에 있었던 것으로 추정하기도 한다. 1352년(공민왕 1)에는 공민왕에게 양위한 충정왕이 이곳 용장사에 머물러 있다가 독살되었다. 폐사된 절터에서는 기와와 자기 조각들이 발견되고 있지만, 문화유산으로 지정된 유물은 없다.
고려 고종 때 대장경판당이 있었던 곳으로 추정되는 사찰로, 고려대장경 연구와 관련해서 중요성을 갖는다.