고려 후기인 1213년(강종 2)에 창건되었다고 하는데, 창건주에 대한 기록은 전하지 않는다. 조선시대에 들어와 1545년(인종 1) 절을 중수하였고, 1879년(고종 16)에는 우은(愚隱)이 만수각(萬壽閣)을 중수하였다. 일제강점기에는 유점사(楡岾寺)의 말사였다. 북한 측의 자료에 의하면 현재 존재하지 않는다고 한다.
강원도 고성군 금강산에는 향적암 북쪽으로 하내원암(下內院庵), 중내원암(中內院庵), 상내원암(上內院庵)이 있었다고 한다. 이 중에서 중내원암은 일제강점기까지 그 명맥이 유지되며 수행도량으로서 이름이 높았다. 강원도 금강산에 소재한 3개의 내원암 중 유일하게 일제강점기까지 존속한 사찰이다.