고려시대에 창건된 사찰로 자세한 내력은 전하지 않는다. 17세기 말의 『강도지(江都志)』와 18세기에 편찬된 『가람고(伽藍考)』에 언급되고 있는 것으로 보아 조선 후기에까지 그 명맥이 이어지고 있음을 알 수 있다. 1840년경 화재로 소실되었고, 1915년에는 붕괴한 적이 있다고 한다. 일제강점기에는 전등사(傳燈寺)의 말사였는데, 1928년 3월 승려 정운(晶雲)의 불사(佛事) 기록이 남아 있다. 1967년 다시 화재를 겪었고 다음 해에 중건되어 오늘에 이른다.
화개사(華蓋寺)는 화개암(華蓋菴)이라고도 하는데, 『가람고』에서는 화정사(火鼎寺)라 하였다. 고려 말의 문신 이색(李穡, 1328-1396)이 이 사찰에 머물면서 독서를 했다고 한다. 화개사에는 고려 때 조성된 것으로 보이는 도금 불상 2구가 있었으나 지금은 동국대학교 박물관에 소장되어 있다. 남아 있는 유물로는 팔각원당형 부도 1기가 있으며, 수령이 200년 된 소나무가 보호수로 지정되어 있다.
고려시대의 사찰 내력을 확인할 수는 없지만 『강도지』나 『가람고』와 같은 조선 후기 문헌에 언급되고 있다는 점에서 강화도의 주요 사찰 중 하나였음을 추정해 볼 수 있다.