연화정사(蓮花精舍)의 자리에는 고려시대에 창건된 음주사라는 절이 있었다고 전한다. 음주사의 창건과 연혁은 알려진 것이 없고 폐사된 시기도 확인되지 않는다. 1967년 오랫동안 폐사되었던 절터에 대웅전과 요사 등을 짓고 연화정사라 하였다. 그러나 몇 년 후 절은 산사태로 다시 폐사되었는데, 1982년 주지 원봉(圓峰)이 중창하여 오늘과 같은 절의 모습을 갖추게 되었다.
절의 건물로는 대웅전과 산신각, 요사 등이 있는데 모두 1982년 중창 이후에 새로 지은 것이다. 유물로는 1983년 경기도 문화재자료(현, 문화유산자료)로 지정된 ‘이천 자석리 석불입상(利川自石里石佛立像)’이 있다. 석불입상은 연화정사 뒤편의 자석리 남쪽 산기슭에 있는데 머리에는 원형의 넓은 갓을 쓰고 있으며 긴 타원형의 얼굴에 비해 눈과 코, 입이 작게 표현되어 있다. 옷 주름과 수인(手印)은 마모가 심해 확인하기 어렵다. 고려 중기에 조성된 것으로 추정되는 이 석불입상에는 다음과 같은 설화가 전하고 있다. 고려 때 이 곳 음죽현(陰竹縣, 설성면)에 새로운 현감이 부임하였다. 이후 현감과 마을 사람들은 이름 모를 병에 걸려 갖은 고생을 다했는데 그러던 중 어느 날 현감의 꿈에 돌부처가 나타나 “흙 속에서 나를 꺼내주고 절을 지어 공양하면 병이 나을 것이다”라고 하였다. 현감이 꿈속 돌부처의 말대로 하였더니 모두의 병의 씻은 듯이 나았다고 한다.