조선시대 관상감에서는 천지인 삼재 학문인 천문학과 지리학, 명과학을 가르쳤다. 이 3가지 학문 중에서 명과학을 전담해서 가르치던 관리가 바로 명과학훈도였다.
중종 대에 천문(天文) · 지리(地理) · 명과(命課) · 의학(醫學) 등의 학술이 모두 정밀하지 못하다고 하여, 이 직책에 합당한 문관(文官)을 겸교수(兼敎授)로 삼는 새로은 제도를 만들어 시행하였다. 1746년(영조 22)에 반포된 『속대전』의 직제에는 천문학겸교수 3명, 지리학겸교수와 명과학겸교수 각각 1명씩 증치되었다. 대신 명과학훈도는 『경국대전』에서 2명이었으나 1명을 감축하여 1명만 설치되었다. 이는 그대로 이어져서 정조 대에 편찬된 『대전통편』, 고종 대에 편찬된 『대전회통』에서도 모두 명과학훈도는 1명만 설치되어 있다.