저서로 『독서관견(讀書管見)』 3편과 , 『 성리논변(性理論辨)』 5책 10권, 『예절람요(禮節覽要)』 4책, 『금곡선생문집(錦谷先生文集)』 10책 18권이 있다. 정통 주자학적 입장을 고수하여 도와 이(理)를 밝히는 방법으로 독서와 예를 중시하였다.
『성리논변』은 성리학의 기본 개념과 논변을 기술한 책이다. 제1권은 유학의 경전, 제2권은 송대의 성리학자인 주돈이(周敦頤), 정호(程顥), 정이(程頤), 장재(張載), 소옹(邵雍), 주희(朱熹)의 글에서 뽑은 것이다. 제3권부터 제10권까지는 퇴계 이황과 고봉 기대승의 사단칠정(四端七情) 논쟁, 율곡 이이와 우계 성혼의 이기(理氣) 논쟁, 조선 후기의 인물성동이론(人物性同異論) 논쟁을 망라한다.
송내희는 이 논쟁을 높이 평가하였지만, 퇴계의 이기호발설을 비판하고 율곡설을 긍정하였다. 인물성동이론 논쟁도 어느 한 편에 치우치지 않고 공평한 입장을 취하려고 노력하였다.
또한, 예를 중시하여 『예절람요(禮節覽要)』 4책을 남겼다. 『금곡선생문집(錦谷先生文集)』에서도 4권에 달하는 「서(書)」가 예(禮)에 대해 문답한 내용이 다수를 차지하고 있다. 잡저인 「분황의(焚黃儀)」, 「잡록(雜錄)」에서도 예에 관해 논의하였다.